После завершения демонстрации состоялось заседание ЦК большевиков, на котором было принято решение о прекращении уличных выступлений. Было одобрено и воззвание, в котором говорилось: «Демонстрация 3–4 июля закончилась… Наш пароль: стойкость, выдержка, спокойствие».
Однако в это же время в Петроград пришли сообщения о прорыве фронта немцами. Почти одновременно в городе распространился слух о том, что немцам помогают большевики, так как Ленин является агентом Германии. Распространителем этой версии был Алексинский, бывший большевик, затем бывший участник троцкистского «Августовского» блока», а после 1914 г. сторонник «защиты Отечества». Изложение этой версии должно было попасть во все петроградские газеты. Однако этому помешал Сталин, который обратился к своему старому знакомому из рядов грузинской социал-демократии и в то же время идейно-политическому противнику, председателю ЦИК Чхеидзе. Сталин уговорил его обзвонить все редакции газет, требуя снять из печати эти сообщения. Обвинения в адрес Ленина опубликовала на другой день лишь малоизвестная газета «Живое слово». «Правда» готовила опровержение версии Алексинского, но в ночь с 4 на 5 июля в ее помещение ворвался отряд юнкеров, который разгромил редакцию, и газета не смогла выйти в свет.
В это же время версию Алексинского подтвердил министр внутренних дел В. Н. Переверзев, заявив, что большевистская партия получала деньги от германского генерального штаба, а роль связных между ними играли большевик Яков Фюрстенберг (Ганецкий), Парвус и другие.
В обстановке слухов о прорыве фронта и обвинений Ленина в пособничестве с немцами ЦИК Советов в 10–11 часов вечера 4 июля принял решение вызвать солдат верного правительству Волынского полка для защиты Таврического дворца от большевиков. В 2–3 часа ночи 5 июля ЦИК дал полномочия министрам-социалистам для «борьбы с анархией» и поручил им добиться включения в состав Временного правительства кадетов. Одновременно ЦИК объявил военное положение и организовал свой военный штаб из меньшевиков и эсеров.
Будучи членом ЦИК Советов, Сталин с 4 июля вел переговоры с руководством Центрального исполнительного комитета. Позже он вспоминал: «Мы говорили руководителям Советов: кадеты ушли, блокируйтесь с рабочими, пусть власть будет ответственна перед Советами. Но они сделали вероломный шаг, они выставили против нас казаков, юнкеров, громил, некоторые полки с фронта… Само собой разумеется, мы не могли принять при таких условиях боя, на который толкали нас меньшевики и эсеры. Мы решили отступить».
От имени ЦИК переговоры со Сталиным вел меньшевик Либер, который потребовал убрать большевистские броневики от особняка Кшесинской и увести матросов из Петропавловской крепости в Кронштадт. Сталин говорил, что он принял эти требования, «при условии, что ЦИК Советов охраняет наши партийные организации от возможного разгрома». Однако, как подчеркивал Сталин, «Центральный исполнительный комитет Советов ни одного своего обязательства не выполнил».
На следующий день 6 июля представитель военного штаба ЦИК эсер Кузьмин потребовал под угрозой применения вооруженной силы, чтобы большевики очистили дворец Кшесинской. Сталин вспоминал: «Центральный комитет нашей партии решил всеми силами избегать кровопролития. Центральный комитет делегировал меня в Петропавловскую крепость, где удалось уговорить гарнизон из матросов не принимать боя». Сталин сумел убедить их капитулировать, обратив внимание на то, что они сдаются не Временному правительству, а руководству Советов. Одновременно Сталин вел переговоры с Кузьминым, который, по словам Сталина, буквально «рвется в бой». По словам Сталина, «Кузьмин недоволен, что «штатские своим вмешательством всегда ему мешают», и неохотно соглашается подчиниться настоянию Центрального исполнительного комитета Советов. Для меня очевидно, что военные эсеры хотели крови, чтобы дать «урок» рабочим, солдатам и матросам. Мы помешали им выполнить их вероломный план».
Тем временем 6 июля была разгромлена типография «Труд», в которой печатались большевистские и профсоюзные издания, устроены обыски в особняке Кшесинской, где помещались ЦК, ПК и Военная организация большевиков. Как говорил Сталин, «на улицах войска, усмиряющие непокорных. Фактически введено осадное положение. «Подозрительные» арестовываются и отводятся в штаб. Идет разоружение рабочих, солдат, матросов». В июле были арестованы руководители военной организации большевиков Антонов-Овсеенко, Крыленко, Дыбенко, Раскольников, член ЦК Каменев, а также лидеры «межрайонцев» Троцкий и Луначарский.