Средством подавления антисоветского сопротивления должна была стать Всероссийская чрезвычайная комиссия по борьбе с контрреволюцией и саботажем (ВЧК), созданная постановлением СНК от 7 (20) декабря 1917 года. О том, что логика революционного процесса толкала большевиков к действиям, напоминавшим те, что предпринимала любая революционная власть против своих противников, свидетельствовало замечание Ленина, сделанное им во время назначения председателя ВЧК: «Здесь нужен хороший пролетарский якобинец». В Совнаркоме решили, что таким «пролетарским якобинцем» являлся Ф. Э. Дзержинский.
Уже в декабре 1918 года ВЧК раскрыла заговор представителей дипломатической миссии США с калединцами, планировавшими отправку на Дон эшелонов с военным снаряжением, а также связь подпольных организаций «Белый крест», «Черная точка», «Всё для родины» и других с миссиями западных держав и антисоветскими правительствами Украины и Дона. С конца 1917 года ВЧК ликвидировала такие заговорщические организации, как «Союз спасения родины», «Военная лига» и другие.
Огромную опасность для Советской власти представлял отказ руководства армии выполнять ее распоряжения. Главнокомандующий Вооруженными силами России генерал Н. Н. Духонин не подчинился приказу Совнаркома о начале переговоров с немцами. Впоследствии И. В. Сталин вспоминал: «Минута была жуткая… Командный состав армии находился целиком в руках Ставки. Что касается солдат, то неизвестно было, что скажет 12-миллионная армия, подчиненная так называемым армейским организациям, настроенным против советской власти». По словам Сталина, «это был скачок в неизвестность».
В. И. Ленин, И. В. Сталин и народный комиссар по военным делам Н. В. Крыленко 9 (22) ноября 1917 года вступили в переговоры с Н. Н. Духониным по прямому телеграфному проводу. В своем ответе Духонин объявил, что готов подчиниться «центральной правительственной власти, поддержанной армией и страной», но не признает Совнарком, и отказался выполнить приказ Ленина, Сталина и Крыленко. В ответ последовало послание: «Именем правительства Российской республики, по поручению Совета Народных Комиссаров, мы увольняем вас от занимаемой вами должности за неисполнение предписаний правительства и за поведение, несущее неслыханные бедствия трудящимся массам всех стран и в особенности армиям. Мы предписываем вам под страхом ответственности по законам военного времени продолжать ведение дела, пока не прибудет в ставку новый главнокомандующий или лицо, уполномоченное им на принятие от вас дел. Главнокомандующим назначается прапорщик Крыленко. Ленин, Сталин, Крыленко».
Растерянность военных верхов, усталость солдат от войны, которые взбунтовались и растерзали Духонина, обеспечили успех нейтрализации Вооруженных сил. Постепенно, фронт за фронтом, армия мирным путем переходила под контроль Советской власти.
Однако на окраинах страны противники Советской власти сумели организовать достаточно сильные очаги сопротивления, опираясь главным образом на местное казачество. Так, 14 (27) ноября 1917 года при поддержке антисоветского «Комитета спасения родины и революции», созданного в Оренбурге, поднял мятеж атаман Оренбургского казачьего войска А. И. Дутов. Казаки под руководством Дутова арестовали членов Оренбургского совета, захватили Троицк, Верхне-Уральск, угрожали Челябинску. Против казаков Дутова были направлены рабочие отряды Самары, Екатеринбурга, Уфы и других городов. Лишь 25 декабря (7 января 1918 года) они смогли освободить Троицк, а 18 (31) января 1918 года – Оренбург. Однако Дутов и его отряды, отступив, стали готовить новое нападение на советские города. Другим крупным очагом сопротивления Советской власти стала Донская область. Атаман донского казачьего войска А. М. Каледин 25 октября (7 ноября) 1917 года в Новочеркасске объявил о своем непризнании Советской власти и желании восстановить власть Временного правительства. Атаман стал готовить поход на Москву и Петроград. Установив связи с Дутовым, Каледин пытался создать федерацию казачьих областей. Возглавив же «Юго-Восточный союз казачьих войск, горцев Кавказа и вольных народов степей» (в состав его руководства, наряду с Калединым, входили богатейшие люди Северного Кавказа – Чермоев, Гоцинский, Коцев), Каледин пытался установить контроль над Северным Кавказом.
К этому времени на Дон прибыли сбежавшие из-под стражи организаторы корниловского мятежа (Л. Г. Корнилов, А. И. Деникин и другие), а также генерал М. В. Алексеев, Б. В. Савинков, лидеры монархистов и кадетов (П. Н. Милюков, П. Б. Струве, М. В. Родзянко). 27 декабря в Ростове было объявлено о создании Добровольческой армии, во главе которой встали Алексеев и Корнилов. К началу 1918 года Добровольческая армия насчитывала 3–4 тысяч человек.