27 июля 1898 г. командир “Амура” капитан 2 ранга Л.Ф. Добротворский{15}
подал рапорт на имя командира Санкт-Петербургского порта, в котором предложил увеличить толщину обшивки по ватерлинии по примеру парохода “Лейтенант Овцын” для постановки мин в нетолстом льду. МТК запросил по этому поводу завод, который 10 августа 1898 г. ответил: “Наружная обшивка при ГВЛ доведена до толщины 7/16 дюйма. Шпангоуты между 18-65 шп расположены через 4 фута с промежуточными угловыми стойками для жесткости обшивки. И такой борт будет достаточно прочен для сопротивления напору тонкого льда. Постановка же мин на ходу и поворотах вряд ли может быть исполнима даже при небольшой толщине льда. В настоящее время вся наружная обшивка по ватерлинии поставлена на место”.{16}16 сентября 1899 г. Управляющий Морским министерством приказал каютные переборки иметь металлические, как и рубки на верхней палубе с деревянной внутренней обшивкой. При осмотре на Балтийском заводе 18 сентября он приказал в местах пропусков стальной настилки положить из тонких склепанных листов стальную подшивку под палубные доски для устранения воспламенения их снизу при разрывах неприятельских снарядов в жилой палубе.
По первоначальному проекту прожектора должны быть на марсах на обоих мачтах, но в октябре 1898 г. МТК указал кормовой прожектор иметь на кормовой рубке, а марс оставили только на фок-мачте. Впоследствии и от этого марса отказались.
Осенью испытывались гидравлическим давлением до 17 кГс/см² цилиндры главных машин.
16 ноября 1899 г. МТК рассмотрел акт комиссии о приеме четырех 34-футовых паровых катеров, построенных в Або (№№ 1483-1486). На испытаниях катера при 300-310 оборотах в минуту развивали скорость 8-8,2 уз. Стоил каждый из них по 11500 руб. Кронштадтский порт изготовил по 2 минных плотика черноморского образца на каждый транспорт.
Элеваторы подачи патронов заказали Металлическому заводу, электрические лебедки фирме “Дюфлон, Константинович и К°", по три 75 см прожектора фирме Sauter Harle, электрическое освещение фирме “Унион”. Товарищество машиностроительного завода “Феникс” в Санк-Петербурге изготовляло двигатели для динамомашин. Части коленчатых валов заказали в Англии фирме Maudslay.{17}
В течение зимы-весны 1900 г. на обоих кораблях интенсивно велись достроечные работы, чтобы с началом навигации приступить к ходовым испытаниям. 5 января в мастерской Балтийского завода испытывались паровые машины “Амура”, а 10 февраля — “Енисея”, после чего их разобрали, погрузили на корабли и начали монтаж. При этом, как обычно, тщательно учитывалась масса деталей и механизмов, устанавливаемых на транспортах, но контроль за остойчивостью отсутствовал; вопреки рекомендации МТК не заполнили своевременно водой часть междудонных отсеков. В результате этого,а также частых изменений в проекте и несоответствия размещения грузов расчетному, корабли получили отрицательную метацентрическую высоту.
3 апреля 1900 г. при перешвартовке у стенки завода “Амур” внезапно повалился на борт; крен достиг 25°, затем корабль стал медленно переваливаться с борта на борт так, что обнажались скуловые кили. По палубам и в трюмах двигались все незакрепленные предметы, одним из ящиков переломало ноги служащему завода Филипповскому. Накаченная в носовую часть двойного дна вода мало помогла делу и только при помощи упора транспорта в пристань и тяги многих швартовов с берега удалось остановить взбесившийся корпус. При этом остаточный крен составлял 15°. МТК принял решение продолжать достроечные работы, заполнив отсеки двойного дна водяным балластом, а летом провести точное определение остойчивости.
10 и 30 мая “Амур” и “Енисей” прошли швартовные испытания. На обоих кораблях машины работали удовлетворительно, давая в среднем до 40 об/мин при давлении пара 10,5-11,9 кГс/см². Транспорты начали кампанию 1 июня без артиллерии, так как имевшиеся в арсеналах орудия были срочно отправлены за границу на строившиеся там корабли по заказу русского правительства. Поэтому и ходовые испытания и определение остойчивости пришлось проводить без артиллерии и мин в погребах.