В мае 1945 г. 72-й Гвардейский ИАП перелетел на литовский аэродром Юткас, и с 7 числа содействовал войскам Ленинградского фронта в ликвидации Курляндской группировки. 8 мая летчики полка совершили 122 боевых вылета. Одно из заданий требовало уничтожить немецкие самолеты на аэродроме Кирколес. Уже на подходе к цели ведущий группы П. Заварухин получил команду возвращаться. «Конец войны!» Но комполка передал летчикам: «Удар по цели наносим как планировали.» Сбросили бомбы, а затем проштурмовали аэродром из пушек. «Впервые ослушался приказа старшего». При докладе командиру 11-го ИАК генералу Г. А. Иванову Заварухин изложил мотивы такого поступка: хотел, мол, полностью рассчитаться с фашистами за все ими содеянное. Начальник, выслушав доклад, сказал «Добро», и больше к этому эпизоду не возвращался.
Последними заданиями, выполнявшимся летчиками 72-го полка в Великую Отечественную, были вылеты на патрулирование побережья Курляндии для выявления плавсредств, на которых могли эвакуироваться гитлеровские войска.
Всего за время войны П. Ф. Заварухин совершил более 400 боевых вылетов, в 80 воздушных боях лично сбил 13 самолетов противника, в том числе один — тараном.
Сразу по окончании войны П. Ф. Заварухин был назначен заместителем командира 5-й Гвардейской ИАД. Соединение базировалось на Земландском полуострове в городке Гросс-Диргикайм.
Вскоре летчики двух полков во главе с П. Заварухиным отправились в Красноярск за истребителями «Кинг Кобра», не дошедшими до строевых частей во время войны. Обратный путь лежал по маршруту Красноярск-Новосибирск-Омск-Свердловск-Казань-Иваново-Выползово-Кенигсберг (Зидлунг) — Гросс-Диргикайм. Он проходил в сложных, часто изменяющихся условиях осенне-зимнего периода, и, что интересно, потребовал времени большего, чем в военный период: наземные начальники уже проявляли осторожность, опасаясь аварий по погодным условиям, и не торопились давать «добро» на вылет в случае неблагоприятной погоды. Перелет завершился благополучно. А далее — приступили к плановой учебно-боевой подготовке на новой технике.
Осенью 1946 г. П. Ф. Заварухин, во главе группы летчиков дивизии, был командирован на переподготовку: изучали и осваивали реактивные самолеты в учебном центре на аэродроме Сейма, близ Горького. Из этой группы сформировали парадный полк (20 экипажей) для участия в праздничном параде 1 мая 1947 г. над Красной площадью на реактивных истребителях Як-15. Его возглавил П. Ф. Заварухин. Всего же над Красной площадью прошло пять таких полков, заявив тем самым о начале реактивной эры в авиации. Парад прошел гладко, несмотря на то, что полеты на реактивной технике были еще во многом не исследованы.
В мае 1947 г. 5 Гвардейская авиадивизия перебазировалась с Гросс-Диргкайма на аэродром Зидлунг, близ Кенигсберга. П.Ф.Заварухина вызвал в Ригу командующий Воздушной армией: дивизии предстояло переходить на реактивные самолеты МиГ-9 и Як-15. Переучивание П. Ф. Заварухин осуществлял уже будучи и.о. командира дивизии, так как прежний ее командир полковник Рыкачев убыл на учебу в Академию Генштаба.
В июле того же года летчиков, участвовавших в первомайском параде, вновь вызвали в Москву. На этот раз ей предстояло участвовать в воздушном параде 3 августа в честь дня Воздушного Флота.
В парадном строю реактивные истребители шли двумя колоннами, по 45 самолетов в каждой. Первую возглавлял П. Акуленко (МиГ-9), вторую — П. Заварухин (Як-15).
Летом 1948 г., после переучивания, 5 Гв. ИАД передислоцировалась под Москву, на аэродром Мигалово, и вошла в состав войск Московского округа ПВО, где и проходила учебнобоевую подготовку. В дивизии прошли переучивание на реактивных самолетах известные асы Покрышкин, Лавриненко, Алелюхин.
В эпоху глобального перехода авиации на реактивную тягу опыт П. Ф. Заварухина был востребован в разных местах. Одно время он являлся заместителем командира в 15-й Гвардейской ИАД (г. Орел). Там сложность переучивания заключалась в том, что значительное число прибывавших в дивизию летчиков имело опыт полетов только на Ил-2. Потом его назначили командиром 144-й ИАД ПВО в Барановичах (Минский округ ПВО). Дивизии предстояло переучиваться на истребители МиГ-9, которые прибыли следом за П. Ф. Заварухиным из Орла. В течение 1949-50 гг. переучивание всех трех полков 144-й дивизии завершилось.
Но однажды, в одну из ноябрьских ночей 1950 г. Заварухина разбудил телефонный звонок: «Жди гостей из Москвы.» Утром на двух С-47 прибыли замначштаба ВВС генерал Одинцов и замглавкома войск ПВО по политчасти. Перед руководящим составом было зачитано постановление правительства: 144-я авиадивизия ПВО передается в состав ВВС, расформировывается, и на ее основе формируются две новые дивизии — 144-я и 17-я. Командиром 17-й ИАД назначается П.Ф.Заварухин. В течение недели требуется все самолеты разобрать, погрузить на платформы и отбыть в восточном направлении.