Время правления Фернандо и Изабеллы (1474–1516 гг.) ознаменовалось в Испании переменами во многих областях жизни. В 1469 г. принцесса Изабелла Кастильская вступила в брак с наследным принцем Арагона Фернандо (Фердинандом). После смерти своего брата Энрике IV (1454–1474) Изабелла сохранила для себя кастильский трон в гражданской войне 1475–1479 гг. против местной знати и португальского короля, который претендовал на власть от имени своей жены Хуаны — дочери Энрике IV. В 1479 г. Фернандо стал королем Арагона, что привело к династической унии Кастилии и Арагона и в конечном счете к объединению Испании. Поскольку Фернандо, будучи правнуком короля Хуана I, имел и собственные права на Кастилию, вопрос о его участии в управлении страной урегулировал специальный документ — «Арбитражная сентенция в Сеговии» (1475).
Союз Кастилии и Арагона в этот период был чисто династическим, в основном они сохранили самостоятельность и остались экономически разобщенными; кастилец в Арагоне и арагонец в Кастилии по-прежнему считались иностранцами. Фернандо и Изабелла, принимавшие наиболее важные решения совместно, восстановили в стране порядок и провели серьезные реформы, направленные главным образом на укрепление королевской власти и подчинение ей различных институтов и политических сил. Искусно используя противоречия внутри знати и опираясь на поддержку ее части, а также мелкого дворянства, церкви и городов, монархи сумели обуздать мятежных аристократов. Они приказали срыть множество замков, служивших очагами сопротивления, лишили знать крупных пожалований, сделанных предыдущими монархами, заставили вернуть короне узурпированные земли. Важную роль сыграла реформа королевского совета, в котором главную роль стали играть не представители дворянства, а летрадо — должностные лица с университетским образованием, часто незнатного происхождения; обязанные только короне своим возвышением, они были ее надежной опорой.
Фернандо занимался в основном кастильскими делами и почти не бывал в Арагоне; показательно, что даже важнейшее решение об отмене личной зависимости крестьян в Каталонии (Гуадалупская сентенция 1486 г.) он принял, не покидая Кастилии. Поэтому в 1494 г. для управления Арагоном, Каталонией и Валенсией был создан Совет по делам Арагона.
Влияние сеньориальных судов сократилось в результате консолидации системы высших судебных органов, именовавшихся канцеляриями. Важную роль в ослаблении знати и укреплении позиций короны сыграл переход к Фернандо должности магистра духовно-рыцарских орденов (Сантьяго, Калатравы и Алькантары); в XVI в. это звание было окончательно закреплено за испанскими королями. Упорядочив свои доходы, монархи стали меньше зависеть от городов, в которых резко возросла власть представителей короны — коррехидоров. Показательно, что кастильские кортесы между 1480 и 1498 гг. не собирались ни разу, что свидетельствует о снижении их значения, хотя в дальнейшем череда смертей детей и внуков Изабеллы заставила собирать их почти ежегодно — для клятвы новому наследнику. Усилению влияния короны в городах способствовало возобновление под ее контролем деятельности «Святой эрмандады», отрядов горожан, призванных обеспечивать порядок в городах и на дорогах. Хотя сами Фернандо и Изабелла предпочитали лишний раз не подчеркивать свою возросшую власть, реально она стала гораздо более авторитарной.
Важные изменения произошли в религиозно-церковной сфере. Главным достижением Фернандо и Изабеллы и сами они, и современники считали завоевание в 1482–1492 гг. Гранадского эмирата, завершившее Реконкисту. Монархи покровительствовали Церкви, стремясь в то же время поставить ее под свой контроль, реформировать и очистить от злоупотреблений. В сложной и конфликтной религиозной обстановке, вызванной нежеланием иудеев и мусульман переходить в христианство и нарастанием антисемитских настроений в обществе, выливавшихся в погромы, королевская чета, хотя и не без колебаний, решила ввести в стране инквизицию (1481), которую возглавил Томас де Торквемада. В конце XV — начале XVI в. испанская инквизиция отличалась особой активностью, осудив на смерть тысячи людей. В 1492 г. все иудеи, не пожелавшие креститься, подверглись изгнанию из страны. На рубеже XV–XVI вв. вынуждены были перейти в христианство и испанские мусульмане. Религиозные гонения во многом были вызваны политическими соображениями: стремлением ввиду нараставшей османской угрозы в сжатые сроки привести подданных к единой вере. Однако такая политика стала трагедией для религиозных меньшинств, имела губительные последствия для социально-экономического развития Испании и привела к нарастанию нетерпимости.
Религиозные мотивы сыграли важную роль и в снаряжении в 1492 г. экспедиции Колумба для поисков западного пути в страны Востока, где предполагалось вести не только торговлю, но и миссионерскую деятельность, а также найти союзников против мусульман. За успехи в борьбе с врагами католицизма римский папа Александр VI в 1496 г. удостоил Фернандо и Изабеллу почетного титула Католических королей.