За императором в сословной иерархии следовали светские и духовные князья, общим числом в 90-100 семейств. Ведущей группой были курфюрсты Саксонии, Бранденбурга, Пфальца, король Чехии в статусе курфюрста и архиепископы Майнца, Кёльна и Трира. К началу XVI в. княжеская корпорация отличалась почти герметичной закрытостью, случаи княжеской инвеституры встречались крайне редко. Позднее, в период религиозного раскола, Габсбурги, нуждаясь в умножении своей клиентелы, сознательно организуют пополнение княжеских рядов из числа ленников наследственных земель.
В позднее Средневековье завершился процесс «одворянивания» церкви в Священной Римской Империи: борьба за церковные кафедры и руководство монастырями разворачивалась между могущественными княжескими семьями и влиятельными фракциями дворянских родов. Соборные капитулы большинства духовных княжеств состояли в основном из дворян. Князья церкви при избрании в епископы или архиепископы вынуждены были идти на компромиссы, выражавшиеся в «выборных капитуляциях» соборному капитулу. В них подтверждались привилегии капитула, давались обещания их не нарушать.
Нижние чины имперской элиты — рыцари и бароны — оказались в позднее Средневековье на распутье: под возросшим давлением князей им приходилось либо бороться за статус непосредственных подданных императора, либо признавать вассалитет по отношению к князьям. На юге, в Швабии, Франконии и Баварии, в условиях насыщенного феодального пейзажа и недостаточно окрепшей княжеской власти дворянство еще пыталось отстаивать свою автономию. Позже это нашло воплощение в рыцарском восстании Франца фон Зиккингена (1522–1523), в разбойных набегах Гёца фон Берлихингена, в движении франконского рыцаря Вильгельма фон Грумбаха (1558–1567). Корона целенаправленно пыталась использовать малоземельное и беспокойное дворянство Юга Германии в качестве клиентелы, что привело к созданию во второй половине XVI в. сословия имперских рыцарей — непосредственных подданных престола, последней крупной пристройки к сословной иерархии Империи. Территориально имперское рыцарство подразделялось на округа (Швабский, Франконский, Рейнский), состоявшие из кантонов по швейцарскому образцу с собственным самоуправлением. Рыцари платили общеимперские взносы и позже получили представительство на рейхстагах.
Напротив, в восточных и северных регионах (балтийские герцогства, Бранденбург, Саксония) местное дворянство постепенно интегрировалось в структуры княжеской власти, образуя сословие непосредственных ленников представителей тамошних династий. Утрата независимости здесь компенсировалась возможностями контролировать крупные поместные массивы, окружную администрацию, местные духовные общины, оказывать влияние на правящую семью через надворные учреждения и ландтаг. В целом низшее дворянство обладало большей мобильностью, оно пополнялось за счет добившихся успехов на службе бюргерских родов, которым предоставлялись дворянские дипломы, благодаря прямой протекции императора, а также, в редких случаях, за счет аноблирования крестьян.
Городское сословие Империи находилось в процессе внутренней перестройки. Четче прорисовывался правовой статус общин: здесь заметно проявлялось двустороннее движение: укрепление автономии и непосредственного имперского подданства в одних случаях соседствовало с утратой самоуправления и подчинения территориальной власти в других. В целом городское сословие становится более открытым и проницаемым как сверху, благодаря проникновению бюргеров в дворянские ряды, так и снизу, вследствие притока сельского населения. Быстрее всего к миру знати приобщалась купеческая элита, мастера крупных ремесленных цехов, часто выступавшие кредиторами и короны, и местного дворянства. Хозяева первых банковских контор Германии — аугсбургские Фуггеры и Вельзеры — обрели дворянские дипломы и пользовались прямой протекцией короны. Представители городской ученой среды — выпускники университетов и профессура — получали доступ в систему княжеского управления, престижные придворные должности.