Крестьянство оставалось самой многочисленной социальной группой. В то время как правовой статус селян восточных и северных земель менялся к худшему, община отступала под натиском поместной юстиции, на юге и в центральных областях Империи при слабости сеньориальной власти крестьянское самоуправление вступило в борьбу за сохранение относительной автономии. Возросшая динамика общественной жизни, рост потребностей в условиях малоземелья приводили с конца XV в. ко все более частым конфликтам между землевладельцами разных сословий и крестьянскими общинами в Швабии, Тироле, Эльзасе и Франконии. Однако ни откровения экзальтированного пастушка из Никласхаузена в 1476 г., ни заговоры «башмака» Йоса Фрица, ни движение «бедного Конрада» в 1514 г. так и не стали крестьянской «коммунальной альтернативой» (Петер Бликле) в немецкой истории. Крестьянская война 1524–1525 гг. — последняя и самая кровавая попытка остановить неизбежное давление территориальной власти на общинное самоуправление и на личную свободу — закончилась неудачей. Гейльброннская программа, обстоятельный документ, выдвинутый восставшими в 1525 г., в последний раз связывал судьбы крестьянского сословия с будущим Империи. Подавление движения, впрочем, не означало повсеместной «реакции» в виде резкого ухудшения правового статуса: крестьянское самоуправление оставалось во Фрисландии и в Тироле, а во многих центральных областях, особенно в Саксонии, крестьяне сумели сохранить и личную свободу, и прочные структуры самоорганизации.
Реформация и конфессиональная эпоха
В первой половине XVI в. Империя оказалась втянута в острый социальный кризис, вызванный Реформацией и религиозным расколом. Германия стала родиной протестантизма и местом первых крупных межконфессиональных столкновений раннего Нового времени. В первой половине века были заложены основы лютеранства (или евангелической конфессии), позже, с 60-х годов XVI в. на немецкой почве укрепляется кальвинизм (или реформатская доктрина). Одновременно преобразовывались структуры Католической церкви — под воздействием общеевропейского движения за реформу и в борьбе с протестантизмом. К концу XVI в. эти три религиозных потока в борьбе друг с другом расшатали единство имперской организации и предопределили тяжелейший кризис в годы Тридцатилетней войны. Этот большой период часто именуется конфессиональной эпохой с учетом именно немецкой особенности: подразумевается процесс утверждения в обществе новых протестантских вероисповеданий и обновленного «тридентского» католицизма.
Истоками Реформации стали особенности духовного климата позднесредневековой Германии: растущая индивидуализация религиозных чувств, стремление постичь Бога, минуя посредничество церкви, влияние немецкого гуманизма, который превращал ученого в верховного арбитра библейских истин.
Родиной немецкого гуманизма был швабско-эльзасский регион (Якоб Вимпфелинг, Иоганн Рейхлин). Гуманистическая ученость развивалась и в крупнейших университетах Германии, число которых заметно выросло в XV в. Главными центрами немецкого гуманизма стали Вена, где работал Конрад Цельтис, и Эрфурт, в университете которого сложился кружок Муциана Руфа. Огромное влияние оказывало творчество Эразма Роттердамского, как нельзя лучше соответствовавшее духу религиозного индивидуализма (его трактат «Оружие христианского воина») и богословской учености (издание в 1516 г. Нового Завета на греческом языке с латинским переводом).