В швабских и франконских землях борьба за лютеранскую Реформу совпала с выступлением малоземельного дворянства и открытым противостоянием сельских общин давлению поместной юстиции. Реформация стала катализатором острого социального кризиса, расшатывая стабильность внутри сословного общества. Восставшие рыцари во главе с Францем фон Зиккенгеном пытались овладеть Триром, но были разбиты силами Швабского союза, а сам Зиккинген пал при штурме его родового гнезда Ландштуль в мае 1523 г. Начавшаяся в 1524 г. Крестьянская война охватила обширные регионы Южной и Центральной Германии, однако и здесь войскам Швабского союза удалось прекратить бепорядки и подавить к лету 1525 г. последние очаги сопротивления. В Центральной Германии было покончено с движением Мюнцера в Мюльхаузене.
Швабский союз с успехом исполнил роль защитника земского мира на Юге Империи, но имперские структуры уже испытывали серьезный сбой в своей работе. Инициатива перешла в руки региональных лидеров: их активность восполняла дефицит императорской власти. На уровне регионов возникли военно-религиозные альянсы князей, ставшие альтернативой общеимперским структурам. Попытка покончить с «двоевластием» и принудить перешедшие в протестантизм сословия следовать «вормсскому мандату», предпринятая Карлом V в 1529 г., запоздала и не соответствовала возможностям короны. Протестанты сплотились вокруг формулы своей веры, зачитанной Меланхтоном на Аугсбургском рейхстаге 1530 г., и наотрез отказались исполнять вормсские постановления. Раскол рейхстага и сословий стал свершившимся фактом.
Период с 1531 г. до середины 40-х годов XVI в. характеризовался высшим размахом реформационного движения и полным параличом имперских институтов. Недоставало присутствия Карла V и его авторитета. Представлявший интересы императора его брат Фердинанд был скован в своих полномочиях и постоянно отвлекался на решение турецкого вопроса, угрожавшего его наследным австрийским землям. Рейхстаг не собирался десять лет — до 1541 г., а враждебные группировки имперских чинов все отчетливей выражали две взаимоисключающие концепции земского мира: одну, основанную на равноправии лютеранских и католических сословий, вторую — на исключении протестантов из субъектов земского мира. В таких условиях рухнули и последние институты стабильности в регионах: в 1534 г. под давлением евангелических чинов Швабский союз был распущен. Одновременно протестанты организовали крупнейший альянс в Шмалькальдене (1531) объединивший князей, имперские города и представителей княжеских династий во главе с курфюрстом Саксонии и ландграфом Гессена. Этот Шмалькальденский союз располагал казной и армией и приступил к решительной экспансии в Центральной и Южной Германии. В 1534 г. протестантские войска оккупировали находившийся под управлением Габсбургов Вюртемберг и восстановили в правах тамошнего герцога Ульриха, а в 1541–1542 гг. изгнали католического герцога Брауншвейг-Вольфенбюттеля. Католические сословия могли противопоставить им лишь слабые и неэффективные контральянсы (Регенсбургский союз, 1538). Складывалось опасное для имперского единства двоевластие.
Лишь в середине 40-х годов XVI в., добившись перемирия в войнах с Турцией и Францией, император смог вплотную заняться немецкими делами. При поддержке папы, испанских войск и католических сословий Карл V летом 1546 г. наложил опалу на вождей Шмалькальденского союза и начал открытую войну с протестантами (Первая Шмалькальденская война, 1546–1547). В ней протестанты первоначально имели успех: они устремились в Южную Германию и захватили тирольские перевалы, но не удержали их и отступили к Инголыптадту. Перелом внесла диверсия властителя альбертинской Саксонии герцога Морица, полководца, перешедшего на сторону императора. Осенью 1546 г. он предпринял рейд по владениям курфюрста Иоганна Фридриха, который был вынужден спешно покинуть южный фронт и вернуться на защиту наследственных земель, что повлекло за собой развал шмалькальденского лагеря. Императорские войска под начальством графа Бюрена и герцога Альбы вторглись в Гессен и Саксонию. Судьба кампании решилась в апреле 1547 г. близ Мюльберга: неожиданное нападение, блестяще выполненное Альбой, принесло имперскому оружию решающую победу. Иоганн Фридрих попал в плен и лишился регалий курфюрста, они были переданы его родственнику Морицу Саксонскому. Вскоре последовала сдача ландграфа Филиппа Гессенского.