Своего пика конфессиональная эпоха достигла в начале 60-х годов XVI в. с выходом на сцену кальвинизма. Особенностью кальвинистской реформации в Германии стал ее «внешний» импульс: кальвинизм проникал в основном из Нидерландов, в Германии же имел лишь тонкую прослойку приверженцев в лице сторонников Меланхтона и представителей университетской элиты, отказавшихся признавать «Формулу согласия». Последователи Кальвина могли рассчитывать на успех лишь при прямой поддержке князей. Следствием стала Реформация «сверху», волей правящих домов. Первым крупным плацдармом немецкого кальвинизма оказался Пфальц, где новое вероисповедание было введено стараниями курфюрста Фридриха III в 1563 г. Кальвинизм, распространяясь преимущественно в лютеранских землях, вызывал враждебную реакцию евангелических богословов и широких слоев населения, считавших «кальвиниан» отступниками от учения Лютера. Новая конфессия взламывала единство протестантского лагеря, она содействовала росту религиозной напряженности и расшатывала устои Аугсбургского мира.
На фоне успехов протестантизма немецкий католицизм медленно восстанавливал свои силы. Первые симптомы Контрреформации обозначатся в 1543 г. в борьбе за архиепископство Кёльн, во второй половине века в противостоянии с протестантами за епископство Страсбург и в 1583 г. вторично за Кёльн, где архиепископ Гебхардт Трухзес фон Вальдбург перейдет в кальвинизм. Победа в споре за Кёльн стала поворотной точкой в судьбах немецкой Контрреформации. В это время шла напряженная работа католической Реформы. В Германии в авангарде преобразований выступали иезуиты, учредившие хлопотами своего главного подвижника Петра Канизия (1521–1597) в 1552 г. первый коллегиум в Вене, а позже и первые орденские провинции. Рядом с иезуитами кипучую деятельность развернули и князья церкви: их стараниями организовывались семинарии по подготовке священников, открывались новые университеты, главным из которых стал Диллингенский университет (основан в 1563 г.), издавались католические катехизисы.
В Баварии в правление Альбрехта V (1550–1579) реформа Церкви была проведена «сверху» стараниями герцогской власти, установившей контроль над духовной жизнью подданных и во многом подчинившей себе местное духовенство. В Австрии, наоборот, инициатива реформы исходила снизу, со стороны иезуитов и местного католического духовенства, в условиях слабой княжеской власти и давления многочисленных протестантских общин. В конце века с организацией так называемой «реформационной комиссии» во главе с епископом Мельхиором Клезлем и с восшествием на престол в Штирии эрцгерцога Фердинанда (1590) преобразования пошли быстрее. В 1600–1603 гг. большинству исповедовавших протестантизм дворян и горожан пришлось либо эмигрировать, либо перейти в католичество. Баварские Виттельсбахи (они одержали верх над пфальцскими в борьбе за Ландсгутский удел и объединили Баварию) и австрийские Габсбурги стали главной надеждой и опорой Католической церкви в Империи.
Правление Фердинанда I и Максимилиана II прошло под знаком стабильности и доверия сословий. Но уже в царствование сына Максимилиана Рудольфа II (1576–1612) обозначились первые симптомы напряженности, вызванные межконфессиональными трениями и нерешенными в условиях Аугсбургского мира вопросами. На пороге стоял кризис XVII в.
Культура в эпоху Реформации
Крупные общественные потрясения совпали по времени с могучим интеллектуальным, творческим движением в немецком обществе. Культурное воздействие Реформации в Германии было огромным, в чем-то оно сливалось с гуманистическим, но в литературе сильнее всего ощущалась народная, национальная струя. Первостепенной была деятельность Лютера, переводившего Библию на родной язык. Популярное с конца XV в. сатирическое направление представлено стихотворным произведением Себастьяна Бранта (1458–1521) «Корабль дураков», высмеивавшим буквально всех и вся и породившим течение «литературы о глупцах». Крупным явлением в немецкой народной литературе XVI в. стало творчество поэта Ганса Сакса (1494–1576), который был мастером сапожного цеха в Нюрнберге и одновременно мейстерзингером, т. е. автором песен традиционного средневекового склада. Ганс Сакс использовал в своих песнях, пьесах, баснях, шванках (коротких рассказах) и библейские мотивы, и старинные бродячие сюжеты, и темы, взятые у ренессансных и античных авторов. Сакс сочувственно относился к Реформации и в 20-е годы XVI в. поддерживал ее.