Победитель Карл V стремился закрепить достигнутый успех и сплотить Империю на волне католического триумфа. На новом рейхстаге в Аугсбурге в 1547–1548 гг. он добился роспуска Шмалькальденского союза и введения «Интерима» — временного религиозного компромисса между лютеранами и католиками вплоть до окончательного решения Тридентского собора относительно веры. Под давлением католического большинства протестантские богословы во главе с Иоганном Агриколой согласились признать формулу «Интерима». Но в некоторых владениях она водворялась только с большими оговорками в пользу протестантов («Лейпцигский Интерим» для Саксонии, выработанный Меланхтоном в 1548). Надежды Карла на окончательную победу рушились: усиление власти императора не только сплачивало протестантов для продолжения борьбы, но и нарушало традиционный баланс сил между сословиями и короной. Католические чины боялись вмешательства имперской власти, к тому же Карл V в ходе войны нарушил условия своей выборной капитуляции — он использовал иноземные войска, а наказание вождей Шмалькальденского союза последовало без учета мнения курфюршеской коллегии. Результатом стала антиимперская оппозиция, прежде всего на протестантском Севере Германии: новый союз, заключенный в Кёнигсберге между протестантскими князьями дома Гогенцоллернов в 1550 г., и сопротивление Магдебурга, решительно отказывавшегося ввести у себя аугсбургский «Интерим». Курфюрст Мориц Саксонский, которому было поручено исполнение имперской опалы над Магдебургом, все больше разочаровывался политикой Карла V в Германии. Он собрал под Магдебургом внушительную армию, вел тайные переговоры с участниками кёнигсбергского союза, подготовил новое выступление против императора и обеспечил поддержку французской короны соглашением в Шамборе 1551 г., предусматривавшим денежные субсидии мятежным князьям со стороны Франции. В марте 1552 г. войска княжеской коалиции внезапно атаковали и захватили тирольские перевалы, заставив Карла V бежать в Инсбрук, а затем в Филлах в Каринтии (Вторая Шмалькальденская война). В критическую минуту переговоры с мятежными князьями взял в свои руки король Фердинанд. После многодневных встреч сначала с Морицем, а затем с императором в Пассау были выработаны условия перемирия: ландграф Гессенский Филипп и бывший курфюрст Иоганн Фридрих получали амнистию, а имперские чины, исповедовавшие формулу Аугсбургской веры 1530 г., — свободу вероисповедания. Впредь император совместно с рейхстагом обязался содействовать общему примирению сословий в вопросах веры. Пассауский мир заложил основы согласия сословий на уровне рейхстага и земского мира на уровне регионов.
На Аугсбургском рейхстаге 1555 г. Фердинанд от имени императора Карла V добился умиротворения Империи. Были восстановлены институты земского мира 1495 г. и узаконены две конфессии: католицизм и лютеранство, причем «евангелическому» вероисповеданию давалась весьма туманная формулировка, которая должна была удовлетворить различные направления в нем на момент подписания мира. Право религиозного выбора принадлежало лишь непосредственным имперским чинам, их подданные обязаны были разделять вероисповедание патронов, а в случае несогласия имели право эмигрировать при сохранении имущественных интересов (принцип cujus regio, ejus religio — «кто правит в стране, того и вера»). Статус церковных владений определялся по состоянию на 1 января 1552 г., но католическое большинство рейхстага настояло на так называемой «духовной оговорке» (reservatum ecclesiasticum), согласно которой в случае перехода в лютеранство духовного князя с него слагались правительственные функции и избирался преемник-католик.
Император Карл V до последнего отказывался признавать равноправие конфессий и заявлением о намерении отречься от короны (сентябрь 1555), видимо, надеялся сорвать работу рейхстага. Лишь гибкость Фердинанда позволила добиться общего согласия. Аугсбургский религиозный мир не мог, однако, стать панацеей от будущих потрясений.
Соглашение 1555 г. не завершило лютеранскую Реформацию и не стало окончанием самой конфессиональной эпохи. Евангелическое движение продолжало развиваться, охватывая все новые регионы, в том числе наследные земли Габсбургов. Одновременно шла борьба за выработку единой догматической платформы. В конфликте двух направлений между сторонниками учения Меланхтона («филипписты») и последователями Лютера («гнезиолютеране», т. е. «истинные лютеране») после многолетних споров победу одержали последние. Усилиями группы ведущих богословов в 1577 г. была подписана «Формула согласия», примирявшая враждебные стороны на платформе ортодоксального лютеранства. Во второй половине века были заложены основы административной организации евангелической церкви.