Несмотря на заключавшиеся время от времени мирные договоры, военные действия на венгерской территории продолжались. В конце XV в. турки начали захват земель Хорватии и тех сербских земель, которые входили в состав Венгерского королевства. В 1521 г. они взяли Белград. К концу XVI в., когда практически завершился наступательный период османского владычества в Европе, хорватские земли были завоеваны турками. В 1566 г. решительное сопротивление агрессорам оказал замок Сигетвар, гарнизон которого под командованием хорватского бана Миклоша Зриньи (Николы Зринского) мужественно сражался до последнего (оборона Сигетвара стала сюжетом фольклорных песен и преданий). Мир между Габсбургами и турками 1568 г., по которому признавались все последние османские завоевания, а затем договор между Габсбургами и Яношем Запольяи сохраняли положение статус-кво и давали мирную передышку, хотя пограничные стычки не прекращались. Пятнадцатилетняя война (1593–1606) принесла Габсбургам первые победы. Они отражены в символике парадных портретов Рудольфа II — защитника христианства и империи, поскольку у турок был временно отбит Эстергом. В первые годы XVII в. военные действия шли с переменным успехом, что дало основание заключить в 1606 г. мир, восстанавливавший довоенные границы, но освободивший Габсбургов от уплаты дани туркам. В конце войны положение габсбургской армии было существенно ослаблено восстанием трансильванского магната Иштвана Бочкаи, который со своим войском, состоявшим из гайдуков, вооруженных землевладельцев и скотоводов из Потисья, занял почти всю территорию современной Словакии. Если венгерское дворянство его приветствовало, избрав князем Венгрии, то население горнорудных городов отказало ему в поддержке. Восстание Бочкаи было направлено против власти Габсбургов, и его лидер установил союзнические отношения с турками. По Венскому миру с Бочкаи (1606), инициатором которого выступил эрцгерцог Матиас, восстанавливалась независимость Трансильвании и равенство католицизма, лютеранства и кальвинизма в городах Венгрии, что не затрагивало, однако, жителей местечек, сел и деревень. И ноября 1606 г. Матиас подписал мир с турками, что вызвало резкое недовольство Рудольфа II, требовавшего продолжать войну, исход которой представлялся еще неясным. Матиас использовал недовольство Рудольфа II для своих планов завоевания трона. С этой целью он заключил союз с австрийскими и венгерскими сословиями, желавшими мира, а затем и с гайдуками Бочкаи (после его смерти), подтвердив дарованное им дворянство. Именно гайдуки составили основу войска Матиаса, с которым он выступил в 1608 г. на Прагу. После отречения Рудольфа II от венгерской короны государственное собрание Венгрии избрало на трон Матиаса.
Дезинтеграции венгерского общества в XVI в., кроме политики и войны, послужила конфессиональная ситуация. С 30-х годов XVI в. получает распространение лютеранство, затем кальвинизм. Антипротестантские законодательные меры оказываются малоэффективными, даже будучи подкрепленными усилиями иезуитов. С 60-х годов того же века (синод в Дебрецене) лютеранство и кальвинизм окончательно отделяются друг от друга: лютеранами были представители немецкого и словацкого населения городов, кальвинизм исповедовала часть венгерского дворянства, включая некоторых магнатов. Особенно широко кальвинизм распространяется в Трансильвании. Открытые полемические выступления проповедников перед паствой придавали религиозным прениям свободный и демократический характер. В такой обстановке многие люди постоянно меняли религиозную ориентацию, и к 80-м годам XVI в. примерно 80 % населения всех частей Венгрии составляли протестанты, среди которых превалировали кальвинисты. Распространение получили и радикальные секты. Католическая церковь по-прежнему сохраняла свои общегосударственные и экономические позиции. Протестанты платили ей десятину. Религиозные гонения почти не наблюдались. В Трансильвании с 1568 г. устанавливается равноправие католицизма, лютеранства, кальвинизма и антитринитаризма, что превратило это небольшое провинциальное княжество в один из наиболее толерантных субъектов права. Рекатолизация в Венгрии делает первые шаги в 1604 г., когда Рудольф II одобрил некоторые мероприятия по защите католической веры и запретил Государственному собранию принимать решения по конфессиональным вопросам.
Несмотря на это, в 1606 г. был принят закон о религиозном равноправии. В Венгрии XVII в. протестантизм еще долго сохранялся, постепенно и мирно теряя свои позиции. Наступление католицизма было скорее культурно-идеологическим, чем административным. Усилению его в большей мере способствовали иезуиты; к Обществу Иисуса принадлежал Петер Пазмань, ставший в 1618 г. эстергомским архиепископом. Иезуиты развивали школьное образование, способствовали становлению венгерского литературного языка. Несмотря на успехи католиков, государственное собрание в 1618 г. подтвердило закон о свободе вероисповедания в рамках признанных конфессий.
Польша