Царь нуждался в одобрении сословий по вопросу о продолжении войны с Литвой. Поддержка Собором войны, возможно, стала результатом ожиданий земщины, что царь распустит опричнину. Надежды не оправдались, а выступление против опричнины нескольких сотен дворян было подавлено, трое предводителей (участников Собора) были казнены. Царю удалось сравнительно безболезненно поставить нового митрополита — соловецкого игумена Филиппа (из рода Колычевых), уговорив его снять требование об отмене опричнины и дать обязательство «не вступаться» в нее.
Поводом для начала массовых репрессий, видимо, стал донос самого князя В.А. Старицкого о заговоре в его пользу с боярином И.П. Федоровым во главе. Заговорщики якобы собирались выдать царя Ивана Сигизмунду II во время боевых действий. В 1567 г. царский поход в Ливонию был отменен, Грозный срочно вернулся в столицу. Там в конце года были произведены первые казни. Вакханалия расправ началась в 1568 г. с погромов вотчин И.П. Федорова. Опричники казнили около 500 человек. Престарелого боярина, якобы покусившегося на трон, царь сам заколол его же кинжалом.
Смерч репрессий пронесся над страной в 1569–1570 гг. Были убиты князь Старицкий со второй женой и детьми от этого брака, все княжеское окружение, его мать-монахиня с боярынями и десятки лиц, причастных к «заговору с целью отравления» Ивана IV. В декабре 1569 г. Грозный отправился выводить измену из Новгорода. Иван IV подозревал новгородцев в связях с польским королем. Погром в Новгороде и окрестностях продолжался пять недель. По приблизительным подсчетам, жертв было около 3 тысяч. Грабежи опричников (под видом конфискации) приняли чудовищные размеры. От этого погрома Новгород не оправился.
Еще по дороге в Новгород Малюта Скуратов по приказу царя задушил сведенного с кафедры и несправедливо осужденного митрополита Филиппа (Колычева), открыто обличавшего опричные беззакония Ивана IV.
В 1570 г. произошло закономерное: опричное чудовище начало пожирать своих «родителей». По обвинению в измене были казнены А.Д. Басманов, Аф. Вяземский и несколько высокопоставленных опричников «первого призыва». На первые роли в опричнине выдвинулись Малюта Скуратов-Бельский, его дальний родич Васюк Грязной, М.А. Безнин и другие лица, не поднимавшиеся до 1565 г. выше выборных дворян.
Военные действия велись вяло. Событие, изменившее соотношение сил, произошло в марте 1569 г.: Польша и Литва заключили Люблинскую унию, родилось объединенное государство — Речь Посполитая. В сентябре 1568 г. был свергнут шведский король Эрик XIV, на союз с которым Иван Грозный сделал ставку. Русские политики упустили момент, когда была возможность получить Ревель посредством соглашения — новый шведский король Юхан III отчаянно нуждался в мире. Весной же 1571 г. ситуация кардинально изменилась. В мае состоялся поход всех крымских сил во главе с ханом. Царь с корпусом опричников едва ускользнул от столкновения с крымской ратью. Хан расположился у стен столицы, поджег ее слободы, за несколько часов грандиозный пожар уничтожил Москву. На обратном пути крымчаки разграбили более 30 городов и уездов, в рабство было уведено более 60 тысяч пленников. Осенью того же года на приеме крымских послов Иван IV выродился в сермягу, чтобы продемонстрировать, насколько он разорен.
Двухлетний мор и неурожаи довершали безрадостную картину. Беглецы в Литву считались уже сотнями. Кризис армии в условиях опричных репрессий был очевиден. Победа русской объединенной армии под командованием земского боярина и талантливейшего военачальника М.И. Воротынского над крымскими войсками летом 1572 г. в упорном многодневном сражении при Молодях, невдалеке от столицы, показала, что деление на опричнину и земщину изжило себя полностью. Осенью 1572 г., находясь в Новгороде, царь запретил употреблять даже само слово «опричнина».
Так завершилась первая, семилетняя фаза царских экспериментов с властью. За это время не было издано ни одного указа, который бы сохранила правовая традиция. Но царь не отказался и позднее от столь полюбившихся ему приемов управления. В 1572–1575 гг. уже не было разделения территории страны, но существовали два двора — земский и государев. Последний имел все преимущества. В 1575 г. царь устроил новое разделение страны и общества, вновь сопровождавшееся «перебором людишек». Великим князем он провозгласил крещеного Чингизида Симеона Бекбулатовича (царского титула тот не получил), а себе отвел позицию московского удельного князя. Впрочем, уже через год Симеон получает в удел Тверь, царь же возвращается к практике двух дворов — теперь с разделением уездов.