С периодом преобразований связано и возникновение книгопечатания. Первые русские печатные книги не сообщают ни сведений о времени и месте издания, ни о мастерах. По бумаге, водяным знакам, шрифтам, инициалам, заставкам, технике печати эти так называемые «Анонимные издания» датируются 1553–1558 гг. Местом издания чаще считают Москву. Известно по крайней мере семь таких изданий: три Евангелия, две Псалтыри, Триодь Постная и Триодь Цветная.
Первой датированной печатной книгой в России стал Апостол 1564 года, изданный в Москве Иваном Фёдоровым и Петром Мстиславцем. Из послесловия можно понять, что автор не знал о деятельности Анонимной типографии. В качестве главных причин организации печатного дела называются, во-первых, необходимость обеспечить богослужебными книгами новые храмы и монастыри, созданные Иваном Грозным «в столичном городе Москве, и в окрестных землях, и во всех городах царства его, особенно же в недавно приобщенном к христианству месте — в городе Казани и его пределах», во-вторых, то, что приобретаемые рукописные книги «все оказались испорчены переписчиками, невежественными и несведущими в науках».
В 1565 г. Иван Фёдоров и Пётр Мстиславец выпустили два издания Часослова, но после этого уехали из Москвы в Литву, в имение ревнителя православия гетмана Ходкевича. В 1574 г. (уже во Львове) Фёдоров написал, что отъезд произошел «вследствие великих бед, часто случавшихся с нами не из-за самого русского государя, но из-за многих начальников, и церковных начальников, и учителей, которые нас по причине зависти во многих ересях обвиняли». Наиболее плодотворными стали для Ивана Фёдорова 1578–1581 гг., когда, работая в Остроге, он выпустил пять изданий, в том числе знаменитую Острожскую библию.
После отъезда Ивана Федорова и Петра Мстиславца в Литву Невежа Тимофеев и Никифор Тарасиев выпустили в Москве Псалтырь 1568 г., с использованием шрифта Фёдорова и аналогичных заставок. С 1569 г. в Москве начался «беспечатный» период. Лишь в 1577 и 1577 1580 гг. Псалтырь и Часослов были выпущены в Александровской слободе тем же Невежей Тимофеевым. С конца 80-х годов XVI в. книгопечатание в Москве было возобновлено и уже не прерывалось за вычетом ряда лет в годы Смуты.
Острый кризис вспыхнул в марте 1553 г., в дни болезни Ивана IV. Ожидание его скорой кончины привело к расколу царского окружения: одни присягали сыну царя, «пеленочнику» Дмитрию, другие, опасаясь всевластия родственников царицы Анастасии, склонялись к кандидатуре двоюродного брата царя, удельного князя Владимира. Эти события привели к ряду опал в правящей группе; видимо, именно тогда царь охладел и к своему духовнику, протопопу Благовещенского собора Московского Кремля Сильвестру — одному из деятелей Избранной рады. Но опальные сохраняли гражданскую дееспособность, их не казнили и не отправляли в заключение.