Страна воевала практически без перерыва уже четверть века. Нарастала напряженность в правительственной среде. Опалам подверглись многие активные деятели 50-х годов, начались массовые казни. Подозреваемые в намерениях уехать должны были предоставить огромные залоги и многочисленных поручителей. В конце апреля 1564 г. царь получил болезненный удар: из Юрьева сбежал в Литву друг его юных лет Андрей Михайлович Курбский. В присланном вскоре письме и последовавшей переписке он не оправдывался, но обвинял царя в измене заветам Бога, принципам поведения православного монарха, которым тот следовал в прежние годы, когда у него были мудрые советники. Главное доказательство — необоснованные и жестокие казни, пролитие неповинной, «святой» крови бояр. По словам Курбского, царь «затворил царство русское, сиречь свободное естество человеческое, словно в адовой твердыне». В ответных посланиях царь тоже не оправдывался, он обличал. Боярские измены — вот первопричина всех просчетов, самовольство (а к этому бояр привели Адашев с Сильвестром) означало «снятие власти» с самого царя. Он горько замечал: «Словом яз был государь, а делом ничего не владел». А ведь от прародителей он избран Богом на царскую степень, а потому волен казнить и миловать «своих холопей». У него лишь один судья, и тот не на земле, а в небесах — Бог.
Обострение внутриполитической ситуации происходило на фоне военных неудач. В январе 1564 г. на Уле 20-тысячная русская армия была разбита куда меньшим литовским отрядом. В июне последовало новое поражение под Оршей. А в сентябре крымский хан разграбил Рязанщину и, не взяв город, удалился с полоном. Для царя было ясно: подобное не могло произойти без широкомасштабной измены. Пора было переходить к решительным мерам.
В декабре царь, покинув Москву, обосновался в Александровской слободе, дальней подмосковной государевой резиденции. В Москву доставили два послания. Иерархам, боярам, дворянам и приказным царь объяснял отъезд их «великими изменами»: каждая его попытка «понаказать» виновных оказывалась безрезультатной из-за вмешательства владык и думных бояр. Вот почему он покидает врученный ему от Бога престол и направляется туда, где его и семью устроит Всевышний. Совсем иное заключала грамота горожанам: царь уверял в полном отсутствии гнева на них, во всем виноваты бояре-изменники. После переговоров в слободе с делегацией из Москвы Грозный смилостивился. Он вернется на трон при исполнении трех условий: казни изменников по своему усмотрению, введении опричнины — особого царского удела — для обеспечения обихода и безопасности Ивана Грозного и его семьи, а также выплаты земщиной (т. е. теми территориями страны, которые царь не включил в опричнину) на «подъем» 100 тысяч рублей — огромной суммы по меркам того времени. Возвращение царя в столицу в феврале 1565 г. сопровождалось репрессиями.
В свой удел царь взял многие уезды на Западе, Юго-Западе и в Центре страны, лучшие дворцовые владения и богатые северные регионы, часть территории Москвы. Опричный корпус насчитывал тысячу специально отобранных дворян, получивших поместья только в опричных уездах (откуда все земцы выселялись). Позднее численность опричников увеличилась в несколько раз, а территория опричнины заметно расширилась. В опричнине были своя Дума, свой двор, отдельные приказы. Земская дума и приказы полностью отстранялись от любого воздействия на опричнину. В свою очередь, царь, оставив текущее управление за Земской думой и центральными ведомствами, сосредоточил в своих руках контроль над дипломатией и важнейшими делами. Тяготы войны лежали опять-таки на земщине, опричники знали по преимуществу две обязанности — охрану царя и его семьи, сыск и выведение изменников.
Кто был включен в состав опричного войска? Дворовые опричники происходили, как правило, из незаметных ранее или младших линий знатных фамилий. Широко были представлены «старомосковные» нетитулованные дворяне. На первых ролях были отец и сын Басмановы, князь А. Вяземский, Г. Ловчиков. Опричники отсекались от любых родственных и дружеских связей в земщине.
Учреждение опричнины ознаменовалось ссылкой в Казань «в опалу» нескольких сотен дворян. Большинство из них принадлежало к ведущим княжеским домам — Ярославским, Ростовским, Стародубским, Оболенским Рюриковичам. Их родовые вотчины были конфискованы и пошли в раздачу. Так царь опробовал еще один вариант разделения правящего сословия — передачу бывших вотчин новым помещикам. К весне 1566 г. всеобщее неудовольствие опричниной усилилось. Иван IV искал компромисса, особенно после добровольного ухода с митрополии Афанасия (он наследовал Макарию). Ссыльные в Казань были прощены, им компенсировались их владения. Возникла также острая потребность определиться в отношении Литвы — ее власти предлагали мир или длительное перемирие на условиях статус-кво.
Именно тогда был созван широкий по составу (включая и представителей от купцов и от рядовых помещиков западных уездов) Земский собор 1566 г.