По крайней мере до XVII в. области фалаша оставались не полностью подчиненными власти негуса. На отдельных амбах (горах с плоскими вершинами) оставались их самостоятельные владения. Да и в тех областях, где жители уже были обращены в христианство, они нередко возвращались к «вере отцов своих». «Хроника царя Клавдия» говорит о ряде областей: «Все они отступили и сделались иудеями, оставив христианство, и убили многих людей из Амхары. Когда царь выступил, они сразились с ним, осилили его, прогнали и сожгли все церкви в своих областях». Такие выступления жестоко подавлялись. Однако в то время центральная власть была не настолько сильна, чтобы полностью покорить горы и плато Сымен. Во главе фалаша стояли «цари», часто братья или близкие родственники, народ занимался земледелием, но земли было немного, и она не давала богатых урожаев на крутых склонах и в достаточно холодном климате.
Первое серьезное столкновение произошло во время правления Мины (1559–1563). Но поход 1559 г. оказался безуспешным. Неудача его отчасти была связана с распылением сил — только что закончилась война с мусульманскими владыками на Востоке, а на Северо-Востоке вспыхнул мятеж: Исхак, правитель провинции, стремился посадить на престол другого императора и пригласил на помощь турок, даже отдав им часть территории на побережье Красного моря.
В царствование Сарса-Денгеля велись, пожалуй, самые ожесточенные сражения с фалаша, особенно серьезные в 1579 г. Причинами сопротивления фалаша были как требования выплаты непосильной дани, так и нежелание насильственной христианизации. Возглавили это сопротивление Радаи и Калеф. Воины фалаша были плохо вооружены, но они умело использовали возможности рельефа. Укрепления строили на плоских вершинах с крутыми склонами, устраивали засады за утесами и в пещерах, разрушали узкие тропы, чтобы по ним не прошли мулы и кони. На вершинах делались запасы — груды камней, чтобы скатывать их во время битвы. Использовали фалаша и тактику «выжженной земли». Хронист пишет: «Калеф же, брат Радаи, начал жечь огнем дома вместе со всем, что в них было. И хлеб, который был по соседству, сжег он, ибо созрел (хлеб) в это время и настало время жатвы. И пожег он связанные снопы без пощады. И сделал он это, ибо полагал, что возвратятся они (враги. — Э.77.), когда не достанет им пищи». Воины сражались «яростно летящими копьями, камнями брошенными, ружьями и стрелами».
Но исход сражения решила артиллерия амхара (эфиопов-христиан). Когда она ударила, «смутился Калеф и все войско его, смешалось все его войско ратное, ибо показалось им, что ударила в них молния с неба». Расправа была жестокой — приказано было не щадить ни мужей, ни жен, ни стариков, ни младенцев и не оставлять никого «из ходячих ногами». В 1596 г. фалаша вновь восстали. Упорство, с которым этот народ во главе с Радаи не желал подчиняться императорской власти, приводило современников в изумление. Будучи осажденными, отрезанными от источников питьевой воды, они совершали дерзкие вылазки, убив многих осаждающих и считая, что «лучше погибнуть с честью, чем жить в позоре». Все же многим «амба» пришлось сдаться, большую часть мужчин убили. Жен и дочерей павших подарили государю. Однако Гедеон, один из военачальников фалаша, сумел бежать, пройдя с 15 щитоносцами стан царских воинов. Возможно, его успешному бегству способствовало то, что его близкая родственница была женой правящего императора.
На Северо-Востоке императоры сталкивались с силами Османской империи. Эфиопские хроники впервые упоминают о турках в 1518 г. Сначала они лишь время от времени совершали набеги, довольствуясь добычей. Позднее к северу от эфиопских владений был основан вилайет Хабашат, а на берегу Красного моря возникли маленькие крепости с военными гарнизонами. Интересы и основные силы Османской империи были сосредоточены на иных направлениях, им пришлось даже ликвидировать вилайет. Турки играли прежде всего роль торговых посредников с внешним миром, ибо дорога к нему шла через контролируемую ими прибрежную зону. Позднее, когда Эфиопия переживала внутренние смуты, османы пытались (неудачно) завоевать ближайшие территории, выступая союзниками Ахмеда Граня. После нескольких поражений основанные турками крепости признали власть императора, многие их жители перешли к нему на службу. Знать назначали начальниками гарнизонов, прочие становились солдатами-наемниками. Так во второй половине XVI в. была не только восстановлена целостность страны, но и приобретены новые земли.