И хотя походы против неспокойных фалаша еще время от времени происходили (в 1671, 1674, 1692 гг.), в конце XVII в. кончается самостоятельное существование свободных «княжеств» и начинает складываться особая «этно-кастовая» группа ремесленников-фалаша в социальной структуре страны. Лишь немногие фалаша продолжали заниматься земледелием, но уже как арендаторы, а не владельцы земли. В основном мужчины стали кузнецами, ювелирами и ткачами, а женщины — горшечницами. Эти занятия считались в Эфиопии если не презренными, то неуважаемыми. Постепенно, однако, в царском войске появились отряды фалаша, которых считали храбрыми и надежными воинами и посылали в самые ответственные походы. Некоторые (среди них бывали и женщины) получали титулы и земельные пожалования. Большую роль в изменении положения фалаша сыграло начавшееся на рубеже XVII–XVIII вв. особенно широкое (по сравнению с предыдущими периодами истории Эфиопии) городское и монастырское строительство, в котором самое активное участие приняли фалаша-каменщики, кузнецы и другие ремесленники. Сусейнос (Сиссиний), много воевавший с фалаша, опирался на феодалов, которым он раздал выгодные посты в противовес церковникам, жаждущим верховной власти. Поэтому он привечал и католических миссионеров, и галла. Если последние ранее занимали лишь пустующие земли, как правило непригодные для земледелия, то теперь император жаловал им земли в лен, зачастую отбирая их у монастырей. Он, как и его предшественник, вел переписку с Ватиканом и испанским двором (1607, 1610, 1615 гг.). Росло число католиков. В 1624 г. в Эфиопию прибыл назначенный патриархом иезуит Мендес. Многие португальцы годами жили в стране и некоторые из них оставили ценные описания (например, М. Алмейда, И. Лобо и ряд других). Они воспринимали эфиопов-монофиситов как еретиков, а то и язычников, что рассматривалось местными жителями как унижение.
В 1621–1622 гг. сам император Сусейнос и ряд придворных были тайно крещены по католическому обряду, а в 1628 г. католичество было объявлено государственной религией. Многие священные книги перевели с древнего языка гыэз (на котором и сегодня ведется церковная служба) на разговорный, что было воспринято как святотатство. Все это вызвало негодование широких масс, от знати до простого люда, вылившееся в настоящую гражданскую войну «за веру отцов». Сопротивление приверженцев отчей веры войскам императора, поддерживаемым иезуитами, возглавил сын Сусейноса Фасилидас. В вооруженных столкновениях погибало немало эфиопов. Сусейнос воскликнул после одной из своих побед: «Это не победа, ведь перед нами — не враги, а наши подданные!» В 1632 г. император публично отрекся от престола в пользу Фасилидаса (1632–1667). Мендес призывал его не прекращать борьбу, но Сусейнос оставался тверд в своем решении. Был созван церковный собор, на котором присутствовали и сторонники Мендеса. После ожесточенных споров было объявлено официальное возвращение к традиционной вере. Католики были изгнаны сначала из центральных провинций, а затем из страны.
Выступления против иезуитов, однако, не смягчили противоречия внутри эфиопской церкви. Внутрицерковные споры между двумя основными направлениями (тавахдо и кыбат) продолжались. И те и другие помимо догматических расхождений хотели влиять на императорскую власть и даже претендовали на превосходство церковной власти над светской.
Гондэрский период
Со времени Фасилидаса начался новый, не столь бурный период истории Эфиопии, известный как «Гондэрский» по названию столицы, построенной Фасилидасом.