Сарса-Денгель оставил после себя налаженную систему получения налогов с провинций. Из южных областей поступали золото, скот, мулы, шкуры диких животных; из северных — лошади и заморские товары (шелк, фарфор, одежда); из центральных — золото, хлопок, украшения, мед. Однако местные правители и феодалы по-прежнему пользовались немалой властью. С прекращением бесчисленных войн и умиротворением страны их центробежные стремления возросли и они стали вновь задумываться о былой самостоятельности. Голодные годы, неурожаи и эпидемии осложнили положение внутри страны. После многолетних войн Эфиопия была разорена. Не раз вспыхивали восстания простого люда. В 1687–1688 гг. такое восстание поднял Йисхак-Уорення (Поджигатель), кузнец из Годжама. Эти движения, как и попытки отдельных феодалов добиться независимости, жестоко подавлялись.
Сложное положение усугублялось борьбой за престол после смерти Сарса-Денгеля. Три следующих негуса быстро сменили друг друга. При этом возрастало влияние в стране португальцев, которые претендовали на высокие должности, проводили миссионерскую деятельность. Особенно активно действовали иезуиты. Еще в 1554 г. был назначен католический патриарх Эфиопии. Позиции католиков упрочились при дворе императора не сразу. Их встретили настороженно, проводили богословские диспуты, синод в 1558 г. осудил идеи иезуитов. Но уже на рубеже XVI–XVII вв. в Эфиопии в среде как светской, так и духовной знати появились не только противники, но и сторонники католиков. Последним разрешили проповедовать, жениться на местных женщинах, владеть землями.
Зе-Денгель (1603–1604), сумевший на время захватить престол у негуса Якоба I (1597–1603, 1605–1607), начал переписку с римским папой Климентом VIII и королем Испании и Португалии Филиппом III. Он предложил заключить междинастийный брак и вместе выступить против Османской империи на Красном море. Также негус просил прислать специалистов: ремесленников-строителей, оружейников и воинов. Чтобы пополнить казну и ограничить притязания сепаратистов, он, подавив в 1604 г. восстание Лжехриста, назначил твердый размер подати в зависимости от урожайности земель (до этого его определяли сами феодалы). Все это вызвало недовольство и феодалов, и церковников (глава православной эфиопской церкви абуна Петрос даже отлучил его), и Зе-Денгель погиб в сражении с восставшими. Негус Якоб смог установить хорошие отношения с абуной, но в то же время в 1607 г. разрешил открывать миссионерские школы.
Правление Сусейноса
В том же году власть была захвачена Сусейносом (Сиссинией). На его правление пришлись самые жестокие и кровопролитные войны с фалаша. Речь шла уже не о сопротивлении отдельных «княжеств», а о хорошо организованном движении, которое возглавил Гедеон. К фалаша присоединились и другие народы этого региона. «Знаменем» движения был некий Якоб, выдававший себя за сына Сарса-Денгеля. По словам хрониста, Гедеон возглавил войско «безумцев, ему подобных, всех бедных, всех несчастных, всех неоплатных должников». В течение нескольких месяцев 1614 г. восставшими было захвачено восемь областей. Понадобилась концентрация всех сил царской армии, чтобы захватить сначала одну, затем другую амбу и, наконец, последний оплот Гедеона и Якоба — амбу Сатанеет. Осада ее продолжалась два месяца, после чего Гедеон был вынужден выдать Якоба. В 1616 г. «… во всех землях, где есть фалаша, приказал царь убивать их. И убили всех без остатка, и не спасся никто, кроме нескольких фалаша, которые бежали…»
Однако сам Гедеон не был схвачен и продолжал борьбу в 1622 и 1623 гг. Неоднократно он обращал царские войска в бегство и захватывал обозы со всем имуществом. Сначала успех сопутствовал фалаша, они захватили ряд амб, некоторые жители страны перешли под их знамена или заключили с ними мирное соглашение. Однако вскоре превосходящие силы правителя одолели «Гедеона-иудея, который при четырех царях… пытался воевать» и «воцарил трех самозванцев». Гедеон был казнен. Но еще долго пришлось покорять остальных участников движения. А затем «царь царей расставил все войско ратное по входам и выходам в земли фалаша».