Социально-политическая организация Нкоре, как и других «королевств», в которых сосуществовали хуту (ира) и тутси (хима), основывалась на подчинении земледельцев-банту (хуту) скотоводам-нилотам (тутси), овладевшим не только стадами, но и землей. Социальная система держалась на патронажно-клиентельных связях. Эксплуатация хуту на иной основе, кроме патронажно-клиентельной, предполагающей взаимные обязательства сторон, запрещалась; если патрон-тутси не выполнял своих обязательств по защите клиента-хуту, тот имел право обратиться с жалобой к верховному правителю. Отношения клиента и патрона связывали не только хуту и тутси, но и тутси и омугабе: предоставляя монарху свой скот, ставя ему на службу свое оружие, тутси получали защиту с его стороны. Примечательно, что в ходе экспансии (осуществлявшейся Нкоре в южном и восточном направлениях) во многих случаях побежденные скотоводы включались в господствующий слой общества, а земледельцы — в зависимый и именовались соответственно бахима и баиру, несмотря на то что относились к иным этносам. Иначе говоря, в Нкоре род занятий, социальный статус и этническая принадлежность отождествлялись друг с другом. Участвовать же в военных походах и вообще носить оружие (как и держать скот) имели право только хима.
В южной части Межозерья в начале XVI в. земледельцы-банту хуту также были покорены скотоводами-нилотами тутси. В результате возникли «королевства» Бурунди и Руанда, соперничество между которыми продолжалось до XIX в. Период централизации Руанды пришелся на время правления Кигери I Мукобанья (1506–1528) и Мибамбве I Мутабази (1528–1552), а Бурунди — на годы нахождения у власти Нтаре III Рушатси (ок. 1675/80 — ок. 1705/09). Очевидно, в начале XVII в. в обеих странах произошла смена династий: в междоусобные войны вмешались новые завоеватели, принадлежавшие к другому этнополитическому подразделению тутси, предводители которых и взошли на троны. Верховные правители обеих этнически и исторически родственных политий носили титул мвами. Они раздавали земли тутси, вверяя им и их население — земледельцев-хуту.
В обеих странах большую политическую роль играл хранитель священного барабана — мистического вместилища сакральной силы правителя и мощи страны (примечательно, что этот символ власти был заимствован нилотскими правителями у глав покоренных банту). Однако организация такого важного политического института, как совет при правителе, в Бурунди и Руанде различалась. В Бурунди все высокие должности занимали члены ганва — клана верховного правителя (из тутси), ограничивавшие его власть. Ганва являлись владельцами земли и получали дань с земледельцев и скотоводов, пользовавшихся ею. В Руанде же исходили из принципа, что тутси обладают властью военной, а хуту — сверхъестественной, идущей от высших сил. Поэтому в Руанде совет при мвами (абииру) состоял только из хуту.
В Руанде и Бурунди нилоты переняли язык и многие традиции подчиненных им земледельцев, но их этнического слияния и образования новых этносов, как в Карагве, Кизибе или Нкоро, не произошло по сей день. Здесь тутси установили жесткий этнокастовый строй, закрепив свое превосходство над хуту (а также немногочисленными пигмеями-тва — охотниками-собирателями, использовавшимися в качестве домашней прислуги и поставленными на низшую ступень социальной лестницы). Эта система утвердилась в полном объеме в начале XVII в. Межэтнические (а следовательно, и межкастовые) браки были запрещены, и социальный статус каждого человека определялся в зависимости от его этнической принадлежности. В Руанде за соблюдением сословной замкнутости следили строже, чем в Бурунди, но и там и там воинственные скотоводы-тутси, будучи гораздо малочисленнее (менее 20 % населения), держали земледельцев-хуту в повиновении. Согласно кодексу чести тутси, они ни в коем случае не должны были заниматься каким-либо физическим трудом, кроме воинского. Зависимость банту от нилотов в числе прочего выражалась в том, что тутси отдавали хуту на выпас свой скот. Размер стада говорил о социальном статусе его владельца. Участки земли для обработки хуту тоже получали от тутси на правах держания под часть урожая. Взамен патрон-тутси брал на себя обязательство защищать своего клиента — хуту. Повысить свой социальный статус — оказаться приравненным к тутси — хуту мог только, если ему каким-то образом удавалось обзавестись собственным стадом. Напротив, тутси мог опуститься на социальный уровень хуту, потеряв свое стадо, например, в результате эпизоотии.
Южная Африка и острова Индийского океана