Развитие Мадагаскара и большинства архипелагов в Индийском океане (Коморских, Маскаренских и Сейшельских островов) в раннее Новое время, как и в Средние века, протекало в изоляции от африканского континента. На Мадагаскаре наиболее сложно организованное общество — Имерина — возникло в гористом центре острова, населенном народом мерина. Согласно его устной традиции, записанной в XIX в., сложение Имерины началось в XIV–XV вв., однако значительное расширение ее территории произошло только в XVI–XVII вв. при мпанзака (правителях) Андриаманалу (ок. 1540 — ок. 1575), Раламбу (ок. 1575 — ок. 1610) и Андриандзаке (ок. 1610 — ок. 1630). Согласно устной традиции, институты центральной власти и система распределения земель между членами правящей династии были созданы Раламбу, при нем же страна получила название, а Андриандзака основал г. Антананариву. Наконец, на грани XVII и XVIII вв. все земли мерина были объединены Андриамасинавалуной (ок. 1675–1710). Даже при нем территория Имерины не превышала в ширину 50 км, но население ее росло, и возникали новые поселения. Для управления ими правитель назначил особых администраторов, контроль за которыми должны были осуществлять четыре его сына. В конце концов Андриамасинавалуна официально разделил Имерину между ними. Начавшаяся с его смертью эпоха междоусобиц продолжалась до 1794 г.
С конца XVI — начала XVII в. общество Имерины делилось на слои: аристократов (андриана) во главе с мпанзака, получавших от него, считавшегося верховным собственником всей земли, обширные наделы в условное владение; простолюдинов (хува) — в основном крестьян, живших на землях, не переданных во владение какому-либо аристократу, и обязанных податями и повинностями непосредственно монарху, а также торговцев, лично зависимых крестьян, проживавших на землях аристократов (менакели), и рабов (андеву). Одновременно каждая из этих страт состояла из билинейных родственных групп (каразана), внутри которых обычно и заключались браки. Таким образом, с появлением деления общества на страты в Имерине установилась жесткая социальная иерархия родственных групп. Ее идеологическим обоснованием являлось представление о том, что чем выше общественное положение родственной группы, тем большая часть жизненной силы, даруемой предками (хасина), ей достается. Мпанзака, как считалось, правили совместно с предками, более могущественными, чем монархи. Внутри же любой каразана обладателями большей хасина виделись ее старшие члены мужского пола.
Имерина была далеко не единственным политическим образованием на Мадагаскаре: к концу рассматриваемого времени не только мерина, но и некоторые другие народы создали более или менее обширные и сложно организованные политии. Так, «королевства» сакалава — Менабе и Буэни (или Буйна) — занимали обширную, хотя и слабо заселенную территорию на западе острова и богатели за счет торговли рабами. Во главе них стояли представители двух ветвей одной династии — Марусерана.
Из европейцев первыми у берегов Мадагаскара появились португальцы (в 1500 г.), но все их попытки закрепиться на юго-восточном, восточном или западном побережье Мадагаскара, предпринимавшиеся вплоть до 1619 г., заканчивались неудачей. В середине XVII в. свой форт возвели голландцы, но после основания Капской колонии ликвидировали его за ненадобностью. Судьба английских колоний, созданных в 1644 и 1650 гг., оказалась особенно трагичной: в первой через год в живых осталось лишь двенадцать человек, эвакуированных на родину, от второй вообще не сохранилось никаких следов. Серьезные попытки закрепиться на острове были предприняты в 1642–1671 гг. французами. Однако в 1674 г. воины народа антануси перебили большую часть колонистов и разрушили их факторию Форт-Дофин.
В то время гораздо увереннее чувствовали себя на Мадагаскаре европейские пираты, с 1687 по 1724 г. фактически бывшие хозяевами его восточного побережья и близлежащих мелких островов. Пираты вели активные действия практически по всей акватории Индийского океана; их добыча была столь велика, что на Мадагаскаре возник настоящий «рынок черного паруса».