На Юге Африки португальцы, как упоминалось выше, в 1505 г. завладевшие самым южным крупным суахилийским торговым городом Софалой и изгнавшие оттуда арабов, попытались продавать африканцам льняные и шерстяные ткани из Европы, однако те предпочитали индийские хлопчатобумажные ткани, доставлявшиеся ранее арабскими купцами. Торговля в Софале замерла, а арабы освоили новый маршрут — по реке Замбези. Осознав свою ошибку, португальцы начали ввозить ткани из хлопка и быстро вытеснили арабов из бассейна Замбези, по которой отныне шла вся португальская торговля с внутренними областями региона. Это привело к окончательному упадку Софалы, из которой в конце XVI в. вывозили только слоновую кость.
Упадок Софалы прямо отразился на «королевстве» Мономотапа, что привело к переезду двора верховного правителя мвене мутапа из Зимбабве в Звонгомбе (близ столицы современной Республики Зимбабве Хараре). В XVI в. Мономотапа делилась на ряд областей, включая те четыре, о которых сообщают португальские источники: Китеве, Седанда, Манника и Мономотапа (столичная). Среди ученых нет единого мнения по поводу причин кризиса (см. т. 2). Очевидно, что с начала XVI в. на них наложился и внешнеполитический фактор — появление португальцев. Основой процветания Мономотапы являлась торговля золотом, железом и медью, причем не только с другими внутренними районами Африки, но и через Софалу с городами восточноафриканского побережья, Аравией, Индией, Юго-Восточной Азией. С упадком Софалы этой торговле пришел конец. К тому же проникновение португальцев на земли Мономотапы привело к столкновениям. Их обострения в течение некоторого времени удавалось избегать благодаря соглашению: назначенный португальцами и утвержденный мвене мутапа администратор управлял главной факторией в Массапе. Он взимал пошлины в пользу мвене мутапа, и ни один европеец не имел права проникнуть в глубь страны без его (или самого правителя Мономотапы) разрешения.
История Мономотапы XVI–XVIII вв. — наглядный пример того, как внутренний кризис может усугубляться внешними причинами. Чтобы не быть свергнутым с трона конкурентами, мвене мутапа был вынужден искать поддержки у португальцев, а в благодарность за нее в 1607 г. уступить им все рудники, включая золотые, и вплоть до 1759 г. держать при себе охрану из 30 португальцев, имевших огнестрельное оружие. В то же время попытки миссионеров крестить правителя завершились полным провалом. Укрепить свое положение мвене мутапа удалось, но лишь в краткосрочной перспективе: зависимость от португальцев оттолкнула подчинявшихся ему вождей, увидевших в чужеземном влиянии угрозу традиционным устоям. XVII–XVIII вв. стали периодом медленного, но неуклонного распада Мономотапы.
Хотя Португалии удалось закрепиться в Мозамбике, в низовьях и на среднем течении Замбези, и превратить его в свою колонию, ее присутствие в верховьях реки уменьшалось с конца XVII в. Главную роль сыграл один из вождей розви (субэтноса шона) Чангамира, в 1684–1693 гг. изгнавший португальцев почти из всех факторий. Он же в 1693 г. нанес поражение и Мономотапе, после чего она окончательно утратила господствующее положение в регионе. Гораздо менее враждебно к португальцам относились правители марави, чья полития, возникнув в XVI в., укреплялась к северу от Замбези по мере ослабления Мономотапы. У марави не было золота, но португальцы покупали слоновую кость, железо, рабов, а также хлопчатобумажные ткани местного производства для перепродажи в Мономотапе.
Важным фактором развития Южной Африки стало создание в 1652 г. Капской колонии. Она постоянно расширялась; все больше иммигрантов уходило в глубь континента, создавая там фермерские хозяйства. К 1689 г. коренное население — скотоводы-готтентоты — было вынуждено прекратить борьбу против отторжения своих земель. На фермах европейских переселенцев и их потомков широко использовался труд рабов. Пока Капская колония только укреплялась, европейцы не решались вступать в конфликты с автохтонным населением — готтентотами и бушменами, и рабов завозили из Западной Африки, Южной Азии, с Мадагаскара. Однако затем их основной контингент составили готтентоты. Бушмены же, охотники-собиратели, «непригодные» для сельскохозяйственных работ, подвергались истреблению.
Из переселенцев, в основном голландцев, но также немцев и бежавших сюда после отмены в 1685 г. Нантского эдикта французов-гугенотов на юге Африки сложился европейский по происхождению и языку этнос — буры, или африканеры. Результатом создания Капской колонии стало и появление так называемых «цветных» — потомков детей от расово смешанных браков (первое время разрешавшихся) и внебрачных связей.