В восточной части Армении к концу XVI в., кроме уже упомянутого в начале Хачена, образовались новые княжества — Гюлистан, Джраберд, Варанда и Дизак, позднее известные как «меликства Хамсе» («пять меликств»). Очередные войны османов с сефевидами привели к установлению в 1639 г. границ, которые практически не менялись затем до XIX в. Восток отошел к Ирану, Запад — к Турции. Османы разделили свои территории на эялеты (позднее переименованные в вилайеты): Эрзерумский, Карский, Баязетский, Себасийский, Ванский и Диярбекирский. Ими управляли назначаемые султаном паши. Сефевиды включили армянские земли в состав Ереванского и Нахичеванского ханств, позднее были созданы также Карабахское и Гандзакское ханства. Относительной независимостью пользовались лишь некоторые горные общины. В юго-западной части исторической Армении значительную роль играли курды. Их знать владела огромными землями и отвечала за охрану пограничных районов.
Таким образом, степень подчинения южной части Кавказа и в особенности Закавказья их завоевателям была достаточно высокой. В тех областях, где не было введено прямое управление Османской империи или государства Сефевидов, влияние «сюзеренов» проявлялось все равно достаточно сильно. Борьба против них не всегда была успешной вследствие отсутствия крупных государств и соперничества многочисленных местных царств, княжеств и знати друг с другом. Часто полунезависимые князья были вынуждены подчиняться решениям, принимаемым в Стамбуле или Исфахане, оказывались в плену или в заложниках у своих сюзеренов. Гораздо большей независимостью пользовались расположенные севернее общества и протогосударственные образования. Но и с этой стороны Кавказ постепенно оказывался включенным в сферу влияния новой силы в регионе — Московского царства, экспансия которого была лишь временно приостановлена внутригосударственными неурядицами.
Конец кочевых империй
После изгнания монголов из Китая в 1368 г. ставка последнего юаньского императора Тогон-Тэмура (1333–1370) располагалась около озера Далайнор, откуда он планировал вернуться в Китай. Однако Тогон-Тэмур был разбит войсками империи Мин в 1370 г., и от первоначальных планов пришлось отказаться. Его сын Аюшридара (1370–1378) был вынужден перенести ставку в древнюю столицу империи город Каракорум и заключить мирный договор с Китаем. Договор был нарушен следующим ханом Тогус-Тэмуром (1378–1388).
В этот период монголы еще сохраняли административные институты, выработанные за столетний период господства над Китаем. Однако постепенно проявлялась тенденция к восстановлению более архаичных механизмов управления. Военно-административная структура монголов состояла уже не из «туменов» (10 тысяч воинов), а из племен, которых у монголов насчитывалось 40, а у ойратов — четыре. Возможно, это число имело символический характер, а не указывало на реальное количество племен. Конфедерация делилась на левое (дзун гар) и правое (барун гар) крылья. Фактически это уже была не кочевая империя, а имперская конфедерация. Элиту составляли потомки Чингисхана, так называемый «Золотой род» (алтан уруг) или «белая кость» (цаган ясун), ханы, племенные вожди. Остальное население делилось на «лучших», простолюдинов и «черный» люд.
В первые десятилетия существования династии Мин китайцы совершали активные военные походы против кочевников. В год Куликовской битвы (1380) они отправились в самое сердце степной империи и сожгли Каракорум. Город пришел в запустение. В 1387–1388 гг. минские войска совершили еще два удачных похода. По данным китайских источников, в плен попало около 70 тысяч кочевников. Хан был убит своим соперником. Внутри монгольского общества начались усобицы. С одной стороны, существовала сильная конкуренция среди многочисленных наследников Чингисхана. С другой — племенные вожди стремились усилить собственную власть. В летописи того времени приводятся слова одного из вождей: «Зачем нам принимать над собой господина? Сами ведь можем ведать свои головы! Убьем теперь этого наследного принца-царевича!» Все это привело к окончательному распаду степной империи.
В то же время монголы обратились к традиционной политике хунну и тюрков: чередованию набегов и вымогательств подарков. Поскольку столица империи Мин была перенесена на юг, в Нанкин, набеги не угрожали Китаю новым завоеванием. Однако китайцы не хотели ни торговать, ни откупаться подарками. В результате XIV–XVII вв. вошли в историю как период нескончаемых грабежей и набегов номадов на приграничные районы Поднебесной.
В конце XIV в. начались войны между восточными и западными монголами. Последние в дальнейшем стали называться ойратами. Отчасти конфликты между ойратами и монголами, обитавшими в центральных и восточных районах страны, были спровоцированы тем, что последние контролировали пути в Китай, препятствуя соседям торговать с династией Мин. В 1434 г. ойраты разбили восточных монголов и подчинили почти всю территорию Монголии. Расцвет племенной конфедерации ойратов связан с именем хана Эсена (1440–1454).