После смерти Даян-хана созданная им конфедерация снова распалась на ханства и племена. Между их вождями опять начались усобицы. В этот период фактически обособились Северная (Халха), Южная и Западная (Джунгария) Монголия. Южная Монголия разделилась на семь ханств, состоявших из 49 хошунов (племен или вождеств). Халха делилась на семь хошунов. Некоторая стабилизация внутреннего положения была достигнута только в период правления Алтан-хана во второй половине XVI в. Ставка хана превратилась в настоящий город Хухэ-Хото (совр. Хух-Хото — Внутренняя Монголия). Там проживали торговцы, ремесленники. В окрестностях города селились китайские крестьяне, занимавшиеся земледелием. Алтан-хан активно способствовал распространению тибетского буддизма в Монголии. Ему удалось настоять и на открытии нескольких приграничных рынков. Но как только монголы требовали от китайцев поставок зерна и тканей, правительство Поднебесной, не желавшее их усиления, прекращало торговлю. И номады вновь садились на коней и отправлялись в набег за товарами престижного потребления.
Согласно договору 1571 г. многие монгольские племенные вожди получили от Срединной империи право на торговлю и на получение подарков. Монополия верховного хана на внешние отношения с Китаем была нарушена. Поскольку каждый вождь получил собственные источники доходов, племена стали противиться объединению под чьей-либо властью. Значительно ослабило монгольское общество и перепроизводство элиты, ставшее следствием обычая многоженства. Только у Даян-хана имелось более ста потомков мужского пола, не считая наследников других линий, идущих от Чингисхана, а также поколений его братьев и прочих родственников. В XVII в. некоторые чингизиды имели уже меньше 50 голов скота. Стремление увеличить благосостояние представителей «белой кости» за счет других категорий монгольской кочевой аристократии привело к росту внутренних конфликтов и усобиц.