Маньчжуры и Степь
На рубеже XVI–XVII вв. над номадами нависла новая опасность. На Северо-Востоке Китая формировалось маньчжурское государство. Маньчжуры (манчжуры) стали активно переманивать ханов Южной Монголии на свою сторону. Те, кто сопротивлялся, были подчинены силой. В 1632–1634 гг. было разгромлено Чохарское ханство, дольше других сопротивлявшееся маньчжурам. В 1636 г. состоялся съезд ханов, на котором великий хан маньчжуров Абахай был провозглашен богдоханом монголов. С этого времени Монголия фактически разделилась на две части — Внутреннюю и Внешнюю (Халху) Монголию. На территории Западной Монголии ойратские племена объединились в Джунгарское ханство (1635–1758). Границы ханства протянулись до озера Балхаш и верховьев Иртыша.
В 1646 г. маньчжуры нанесли первое поражение монгольским ханам из Халхи. С течением времени большая часть племен Халхи попала под влияние маньчжурской династии Цин, завоевавшей и Китай. Это привело к ухудшению отношений между восточными монголами и ойратами. Правитель ойратов Галдан-хан совершил в 1688 г. поход в Халху и разбил восточных монголов, которые были вынуждены просить поддержки у маньчжуров. В 1691 г. маньчжуры созвали Долонорский съезд всех монгольских ханов, на котором объявили о «добровольном» вхождении Северной Монголии в состав империи Цин. Маньчжуры реорганизовали институты управления степными племенами, включив монголов в военно-административную систему империи. Из племен создали так называемые «знамена» (ци). Монгольские ханы и старейшины принимались на службу и получили чиновничьи титулы. Для управления делами монголов было организовано специальное ведомство. В 1636 г. введено «Уложение», регламентировавшее правила поведения кочевников. Маньчжуры использовали самые разнообразные способы контроля за номадами: брачные союзы с ханами, институт заложничества, создание конкуренции между различными племенами, переселение на север китайцев и поощрение оседлости.
Буддизм распространялся на территории Монголии с конца XVI в. В 1586 г. на месте развалин Каракорума был основан первый буддийский монастырь Эрдени-Дзу. Сначала наиболее активно новую религию принимала элита. Простые номады были равнодушны к «желтой вере» (так монголы называли буддизм по цвету одежды его монахов). Однако в период правления Цинской династии в Монголии роль буддизма (ламаизма) резко выросла. Он помогал решению извечной для китайских империй проблемы замирения кочевников.