В Польше и Литве евреи появились после погромов во Франции и Германии и в связи с немецкой колонизацией этих земель, т. е. еще в XII–XIII вв. Еврейская община, неизменно лояльная к центральной власти, не имеющая политических амбиций, исправно платящая высокие налоги и являющаяся важным элементом городского развития, изначально получала протекцию и привилегии от польских королей и литовских великих князей. За исключением кратковременного изгнания из Литвы (1495–1503) и обвинений в прозелитизме (в связи со случаями иудействования) и протурецких симпатиях, а также нескольких кровавых наветов, покровительственное отношение короны сохранилось и в XVI в., особенно при королях Сигизмунде I Старом (1506–1548), Сигизмунде II Августе (1548–1572) и Стефане Батории (1575–1586). XVI — начало XVII в. традиционно считаются «золотым веком» восточноевропейского еврейства.
Согласно полученным от короля привилегиям и в связи с государственными и внутриобщинными фискальными нуждами развивалось еврейское самоуправление, достигшее в Речи Посполитой высокого уровня. Управление это было умеренно олигархическим (существовал имущественный ценз для избирателей) и многоступенчатым: пирамиду из общинных, окружных и земельных советов (они же сеймы, или ваады) венчал Ваад Четырех земель — верховный совет, куда съезжались представители еврейских общин из основных областей государства (сначала земель было пять — Великая Польша, Малая Польша, Галиция, Волынь и Литва, с 1623 г. в Литве возник свой Ваад). Помимо ваадов была организована касса взаимопомощи для всей еврейской общины страны (в частности, эта касса покрывала судебные издержки индивида или общины при необходимости защиты от наветов) и верховный суд, который заседал в Люблине во время регулярных ярмарок.
Польские еврейские купцы занимались транзитной торговлей от Балтики до Крыма и Стамбула. Они продавали поташ, деготь, строевой лес и селитру — товары, пользовавшиеся особым спросом в Германии и Швеции во время Тридцатилетней войны (1618–1648). Кроме того, евреи выступали агентами колонизации и администрирования украинских земель, будучи крупными арендаторами, откупщиками налогов и управляющими у польского панства и шляхты, получивших на Украине большие вотчины.
Дискриминация православных, в частности ущемление казацких вольностей, привели к казацким войнам 1648–1649 гг. (восстанию Б. Хмельницкого), в ходе которых многие еврейские общины Волыни, Подолии и Галиции подверглись погромам и потеряли десятки тысяч убитыми и несколько меньше эмигрантами, пленными и перешедшими в христианство. Еврейская национальная память и традиционная историография видят в этих событиях первый Холокост восточноевропейского еврейства, конец «золотого века» и начало упадка еврейского центра в Речи Посполитой. Ревизионисты сокращают число жертв (до 40 тысяч со 100 или даже 500 тысяч, о которых писали ученые XIX в.), считают последовавшую за погромами миграцию польских евреев на Балканы и в Западную Европу благотворной и утверждают, что польская община не пришла в упадок, а сохраняла свою гражданскую автономию, экономическое благосостояние, высокий культурный уровень и влияние на диаспору и дальше, вплоть до второй половины XVIII в.
Еврейская диаспора в Османской империи
Другим направлением миграции евреев в XV–XVI вв. стала Османская империя.