Начавшаяся в 1618 г. война стала следствием слишком затянутого узла противоречий, возникших на немецкой почве, поэтому современники называли конфликт не только «Тридцатилетней войной», но и войной «немецкой». Если говорить о ее влиянии на структуры власти и общества в Германии, то ход войны, строго говоря, распадается на два больших этапа, характеризующих позиции короны и имперских сословий (подробнее см. гл. «Международные отношения в XVII веке», с. 518–530).
От восстания в Праге в 1618 г. и до 1629 г. нарастала роль сильной имперской власти. При содействии Католической лиги императору (с 1619 г. после кончины бездетного Матфея им стал эрцгерцог Фердинанд — император Фердинанд II, 1619–1637) удалось покончить с мятежными сословиями в Чехии в 1620 г. и одновременно уничтожить главное прибежище антиимперской оппозиции — Евангелическую унию: Пфальц был оккупирован испано-лигистскими войсками, а его правитель курфюрст Фридрих V бежал в Нидерланды. Была развернута собственно императорская армия во главе с Альбрехтом фон Валленштейном, усилиями которого была одержана победа над Данией в 1625–1627 гг., а на балтийских водах началось строительство первого в истории военного флота Империи. В 1629 г. Фердинанд закрепил достигнутый успех, издав эдикт о реституции всех отнятых у Католической церкви после 1552 г. владений, что грозило полной ликвидацией в пользу Габсбургов и Рима сложившегося к началу XVII в. баланса сословно-религиозных сил. Могущество короны достигло небывалых размеров, даже Карлу V после победы над Шмалькальденским союзом не удавалось столь эффективно использовать свои полномочия. Но вожди Лиги во главе с Баварией и умеренные лютеране, ведомые курфюрстом Саксонии Иоганном Георгом I (1611–1656), испугавшись гегемонии Габсбургов, заставили императора отказаться от полномасштабного исполнения эдикта и распустить вооруженные силы во главе с Валленштейном. В свою очередь, непримиримые противники Габсбургов и Лиги в лице кальвинистских и части лютеранских князей охотно приняли в 1631 г. помощь со стороны высадившихся в Германии шведов во главе с их королем Густавом Адольфом. Парадоксальным образом на помощь католической династии пришли успехи протестантского оружия: разгром Лиги в 1631–1632 гг. покончил с опасной для императора конкуренцией Баварии, позволил выставить престол единственным гарантом интересов католических сословий и реорганизовать новую армию. Причем Валленштейн, вновь назначенный главнокомандующим, вскоре показался ненадежным и был устранен в феврале 1634 г. группой офицеров по распоряжению самого императора: событие, указывавшее на прочный контроль военных структур со стороны Вены. Победа над шведами под Нёрдлингеном в 1634 г., одержанная при поддержке испанских войск, вновь резко усилила консолидирующую роль престола. Заключенное в 1635 г. в Праге соглашение (Пражский мир) возвращало в число союзников императора лидера лютеранских сословий курфюрста Саксонии, упраздняло все прямо неподконтрольные императору альянсы, в том числе Лигу, и создавало механизм общеимперской борьбы с иноземными захватчиками под руководством короны.
Однако с конца 30-х годов явственно обозначился военный провал Габсбургов и их союзников: императорские войска, разъединенные французскими и шведскими фронтами, терпели одну неудачу за другой. Возможности короны оказались исчерпаны, новый государь Фердинанд III (1637–1657) вынужден был реанимировать широкий диалог сословий с короной и возобновить в 1641 г. работу рейхстага, а позже позволить всем участвовавшим в войне имперским подданным самостоятельно и наряду с короной вести мирные переговоры с иноземными державами. Из двух мирных соглашений, подписанных в 1648 г. в вестфальских городах Мюнстере и Оснабрюке и закончивших Тридцатилетнюю войну, для будущего Империи особую важность имели именно Оснабрюкские статьи, поскольку они регулировали отношения короны и сословий, а также религиозный вопрос. Впрочем, по традиции их также именуют частью Вестфальских мирных трактатов.