Итогами мира стало территориальное усиление за счет Империи более сильных соседей — Швеции и Франции. Швеция получила устья северонемецких рек Эльбы и Везера, епископства Бремен и Верден, и половину Померании: по вновь приобретенным землям скандинавское королевство могло теперь представлять свои интересы на имперском рейхстаге. Франция обзавелась Эльзасом и правом держать свои гарнизоны в ключевых приграничных крепостях. Но главное значение для будущего Империи все же лежало в выработке относительно эффективного механизма разрешения религиозных проблем и восстановлении баланса сил как между сословиями, так и между короной и сословиями. Кальвинисты были узаконены в религиозных правах с лютеранами и католиками, а границы церковных владений зафиксированы в довоенных пределах. Впредь все споры, затрагивавшие интересы представителей разных вероисповеданий, должны были решаться на рейхстаге не простым голосованием по куриям (протестанты там всегда оставались в меньшинстве), а по принципу религиозной принадлежности и при обоюдном согласии. Все протестанты сформировали так называемый corpus reformatorum во главе с курфюрстом Саксонии, позже — курфюрстом Бранденбурга, а католические депутаты — corpus catholicorum во главе с курфюрстом Баварии. Восторжествовала религиозная терпимость, впредь перемена веры властителя не затрагивала гарантированный религиозный статус населения, становясь частным делом правящей семьи. Исключение составляли лишь наследственные земли Габсбургов и Верхний Пфальц, отошедший к Баварии: здесь была осуществлена полная рекатолизация безотносительно к положению на 1624 г.
Все вассалы императора, воевавшие на стороне его врагов, получали амнистию, а опальные чины — реституцию. Восстанавливалась также и система имперских судебных, округов, сам же рейхстаг получил постоянное место заседаний в Регенсбурге и превратился в постоянно действующий орган (современники прозвали его «вечный рейхстаг в Регенсбурге»). В целом Вестфальский мир для Германии был по сути лишь откорректированной формой Аугсбургского соглашения 1555 г. Корона и сословия удовлетворялись положением status quo ante bellum, территориальные властители остались в структурах Империи не «суверенами» в полном смысле этого слова, а традиционными подданными короны, правда, с большими полномочиями. Двухуровневый характер сохранился: корона и сословия формировали два базовых полюса общественной организации. Подверженная различным колебаниям «вестфальская система» просуществовала вплоть до конца Империи в 1806 г.
От Вестфальского мира к миру в Утрехте: империя в «Леопольдинскую эру»
Собственно война закончилась для Германии лишь в 1650 г.: только тогда были окончательно освобождены все занятые войсками стран-победительниц территории. Общее положение немецких земель было весьма плачевным: по разным подсчетам годы войны унесли до 5 млн жизней, целые земли, как например, Вюртемберг или Мекленбург, почти обезлюдели. Ужасы Тридцатилетней войны надолго врезались в народную память, мощным пластом отложились в историческом сознании и были сглажены лишь в XX веке катастрофами двух мировых войн. Экономическое положение в целом рисовалось также крайне тяжелым, хотя и разнилось по областям. Некоторые районы были вовсе избавлены от военного лихолетья (Кёльн, Франкфурт-на-Майне, Гамбург, Бремен, земли Вестфалии и Нижнего Рейна), некоторые, как например Саксония, восстановили потенциал в течение нескольких десятилетий, однако значительная часть Германии переживала стресс и стагнацию вплоть до начала нового XVIII в.