Одним из главных виновников кризиса считается, не всегда обоснованно, Александр VI Борджиа (1492–1503). В политике этого папы испанского происхождения наиболее ярко проявились те черты, которые характерны для Возрождения и во многом для всего XVI в. в целом: непотизм (продвижение родственников), лавирование между европейскими державами, своекорыстие и вместе с тем забота о поддержании духовного и международного авторитета римского первосвященника. Примеры — булла о разграничении сфер влияния Испании и Португалии в новых землях, введение церковной цензуры для печатных книг. Будучи противником усиления французов в Италии, Александр попытался использовать их присутствие для сколачивания в Северной и Средней Италии крупного территориального государства во главе со своим сыном Цезарем Борджиа. В клановых интересах использовались династические браки самого Цезаря и дочери папы Лукреции, которая сменила трех мужей, подкуп и продажа должностей, политические убийства (хотя вина семейства Борджиа в приписываемых ему преступлениях не всегда подтверждается современными историками). Смерть папы привела к крушению этих планов, и восстановлением церковной власти в Романье и других феодах Рима занялся представитель другого клана, Делла Ровере, Юлий II (1503–1513). Этот воинственный папа поднял всю Италию в союзе с соседями сначала против Венеции, а затем против французов, подчинив римскому престолу Парму, Реджо в Эмилии, Пьяченцу и Модену. Рассорившись с Францией, Юлий был вынужден в пику организованному против него Людовиком XII Пизанскому собору созвать V Латеранский собор (1512–1517), проходивший в основном уже при Льве X Медичи. Собор не приступил ни к каким существенным реформам, его главной задачей стало подтверждение верховенства папы в Церкви. Медичи вернули себе власть во Флоренции в 1512 г. после ухода французов из Италии, их отношения с Францией были сложными. В 1516 г. был заключен компромиссный Болонский конкордат, предоставлявший определенные выгоды как Риму, так и галликанской церкви. Непомерное усиление Габсбургов после избрания Карла V императором в 1519 г. привело Льва X в противный им лагерь, хотя начавшаяся вскоре Реформация подталкивала к союзу с Габсбургом, отвергшим лютеранство. После недолгого правления Адриана VI (Утрехтского, 1522–1523), воспитателя Карла, на папский престол снова взошел Медичи — Климент VII (1523–1534), учредивший антигабсбургскую Коньякскую лигу. Война закончилась разгромом Рима в 1527 г., вынужденным переходом папы на сторону императора и завершением ренессансного периода в истории папства. Отпадение значительной части европейских земель севернее Альп от Католической церкви заставило папство возглавить движение Контрреформы, или католическую Реформацию, которая свелась, с одной стороны, к закреплению основных средневековых принципов, в том числе примата папы, а с другой — к наведению порядка, созданию новых инструментов и средств для утверждения и распространения католицизма.
При папе Павле III Фарнезе (1534–1549) был учрежден орден иезуитов (1540), подчинявшийся только папе и имевший целью пропаганду веры в миру и во всем мире; создана Конгрегация Римской инквизиции (Sant’Uffizio, 1542), которая известна не столь массовыми, как в Испании, но громкими процессами (в частности против Бруно, Кампанеллы, Галилея), а также участием в составлении Индекса запрещенных книг (1559). В конце правления Павла III был созван Тридентский собор (1545–1563), оформивший основные направления реформ и закрепивший их в своих решениях. Вместе с тем при этом папе процветал непотизм: в 1545 г. он подарил своему сыну Пьерлуиджи Фарнезе церковные владения Парму и Пьяченцу. Павел продолжил некоторые традиции ренессансных пап, в частности традиции привлечения в Рим крупнейших архитекторов и художников. Еще при Юлии II, затеявшем перестройку базилики Св. Петра и других городских зданий, в Риме по заказу папы работали Браманте, Микеланджело, Рафаэль, возвращались к жизни найденные при раскопках шедевры античной скульптуры (Аполлон Бельведерский, Лаокоон). При Павле III Микеланджело закончил фреску «Страшный суд», руководил перестройкой Капитолия и участвовал в строительстве собора Св. Петра.