Новый импульс Реформация получила при Павле IV (Карафа, 1555–1559), который пытался навести порядок в Риме: он преследовал епископов, оставивших свои епархии, и даже провинившихся кардиналов, выдворил из города проституток (их насчитывалось несколько тысяч), замкнул живших в городе евреев в гетто. Папа боролся с растущим влиянием Испании и заигрывал с Францией, но был вынужден примириться с Филиппом II, когда в 1556 г. испанские войска подошли к Риму. После смерти Павла римский народ устроил празднества, сжег дворец инквизиции и обезглавил статую сурового папы на Капитолии. Тридентский собор закончился при папе Пие IV, выходце из побочной ветви рода Медичи (1559–1565), принятием католического катехизиса и учреждением Конгрегации собора для осуществления его решений. При Пие IV развернулась деятельность одного из крупнейших деятелей Контрреформы, кардинала Карло Борромео, архиепископа Миланского, который был племянником папы. Он известен своей благотворительностью, женоненавистничеством и «охотой на ведьм», а также изображающей его гигантской статуей «Санкарлоне», воздвигнутой в XVII в. в его родном городке, когда кардинал был канонизирован. Политика преследования инакомыслящих продолжилась при святом Пие V (1566–1572), правление которого ознаменовано заключением долгожданного союза против турок — Священной лиги в составе Испании, Венеции, Генуи и Рима. Объединенный флот лиги разгромил турок при Лепанто 7 октября 1571 г. Пий изгнал евреев из большинства папских владений и казнил авторов антипапских эпиграмм как еретиков, упразднил орден умилиатов, вступивший в конфликт с Борромео.
При Григории XIII (1572–1585) были предприняты усилия по закреплению результатов Контрреформации в странах, затронутых протестантизмом, основаны Английская, Германская и Греческая коллегии для воспитания священников под руководством иезуитов; была проведена реформа юлианского календаря с целью более точного приближения к астрономическому году. Текущая дата при этом сместилась на 10 суток. Одним из наиболее успешных и деятельных пап этого периода стал Сикст V (1585–1590), которому удалось сократить постоянно возраставшие до тех пор государственные расходы, провести административные преобразования, жестоко расправиться с разбойниками и пиратами, ставшими бичом папских владений. Сикст также занимался осушением малярийных болот, возводил акведуки, строил и перестраивал кварталы Рима. Папа широко использовал возможности нового художественного стиля барокко для возвеличения Церкви и воздействия на верующих. Он распорядился установить сохранившиеся от античности обелиски на главных площадях города, перед соборами. Правление Климента VIII (1592–1605) отмечено удачами во внешнеполитической сфере: была присоединена Феррара, благодаря переходу в католичество Генриха IV улучшились отношения с Францией, между последней и Испанией в 1598 г. при содействии папы был заключен Вервенский мир, в 1596 г. учреждена Брестская уния с расчетом на переход под опеку Католической церкви ряда территорий с православным населением.
В целом, к концу XVI в. Папское государство продолжало оставаться одним из важнейших в Италии и в Европе, не только благодаря сохранению своего духовного авторитета, но и вследствие финансовой мощи, политических преобразований, характерных для эпохи абсолютизма. Они заключались в усилении централизации, ликвидации местных вольностей, развитии промыслов и торговли, в том числе через международные порты, особенно Анкону на Адриатике.
История отдельных государств
В XVI в. большинство итальянских государств, в том числе формально независимых, как уже было сказано, подпало под влияние Испании или Франции, причем владения последней на полуострове к концу столетия свелись до минимума в пользу первой. На ее территориях вся власть принадлежала испанским наместникам — вице-королям (Неаполь, Сицилия и Сардиния) и губернаторам (Милан), несмотря на формальное сохранение местных выборных органов. Король назначал наместников по представлению Высшего Совета по делам Италии в Мадриде. Испанцы рассматривали свои зарубежные владения прежде всего как источник для получения средств, поэтому они постоянно увеличивали количество и сумму собираемых здесь налогов, монополизировали экспорт зерна, основного продукта Сицилии, ввели инквизицию по испанскому образцу. Они изгнали в 1542 г. евреев, вносивших некоторое оживление в хозяйственную жизнь, и превратили Юг в зону почти автаркического (самодостаточного, замкнутого в самом себе) хозяйства. Только в Неаполе, который с его 300-тысячным населением был крупнейшим городом в испанских владениях за пределами Пиренейского полуострова, развивались промыслы, в частности производство шелка. Одной из проблем Южной Италии были постоянные набеги турецких флотилий, которые окончательно не прекратились и после Лепанто.