В отличие от наук, связанных с изучением неорганической природы, подчиненной строгим, математически выраженным законам, концепции о живом находились под влиянием разнообразных философско-мировоззренческих идей. До недавнего времени было принято рассматривать любую биологическую проблему XVIII столетия в свете дилеммы «механицизм — витализм». Однако реально столь жесткого противостояния не было. Механицизм, анимизм, витализм, телеология и теология уживались не только в головах отдельных ученых, но их элементы были представлены в одних и тех же трудах, ретроспективно оцениваемых сейчас как биологические. На самом же деле вплоть до конца XVIII в. отсутствовали и сама биология как наука, изучающая основные черты жизни, и термин для ее обозначения.
Впервые в этом смысле этот термин использовал, не определяя его содержание, в 1797 г. немецкий врач Т. Роозе (1771–1803). Три года спустя о биологии писал другой немецкий врач и антрополог К.Ф. Бурдах (1776–1847), но в широкое употребление новое понятие вошло благодаря французскому естествоиспытателю Ж.-Б. де Ламарку (1744–1829) и врачу из Бремена Г.Р. Тревиранусу (1776–1837). Они в 1802 г. независимо друг от друга определили термин «биология» (Ламарк — в книге «Гидрогеология», Тревиранус — в своем шеститомном труде «Биология, или Философия живой природы», 1802–1821), зафиксировав тем самым ее оформление как специальной дисциплины. До этого отрасли будущей биологии развивались или в рамках естественной истории, рассматривавшей геолого-минералогические, географические и биологические объекты как равноценные, или как сферы медицины, связанные с изучением лекарственных растений, а также анатомии, эмбриологии и физиологии человека. Дифференциация и реформа естественной истории и медицины завершились к началу XIX в. выделением из них отраслей, связанных с изучением жизни как единого объекта. Само оформление представлений о биологии стало итогом осознания учеными специфики жизни и целостности живых систем, преодоления ими крайностей механицизма и витализма, синтезированных в органицизме (organizism), т. е. в представлениях о несводимости целого к сумме его частей. Недавно это интеллектуальное движение было не совсем корректно названо «витализацией природы» (П. Райл).
На протяжении XVIII в. и механицисты, и виталисты в основном разделяли теологические воззрения и считали, что все сотворено богом для блага человека. Они принимали учение Лейбница о «предустановленной гармонии» и его представления об абсолютной непрерывности явлений, выраженные в афоризме «Природа не делает скачков». Живые существа выстраивались ими в единый ряд, члены которого существовали изначально и были созданы Богом; соответственно, виды были неизменными, допускались лишь внутривидовые вариации (креационизм), а эмбриогенез воспринимался как строго запрограммированный еще в дни Творения (преформизм). Соответственно, и целесообразность живого оценивалась как изначальное свойство организмов, а вся природа описывалась как Храм, свидетельствующий о «мудрой предусмотрительности» ее Творца. Реакцией на механистическую философию, господствовавшую в физике и астрономии, стала публикация большого количества сочинений по «натуральной теологии». В этом отношении типичными были названия книг крупного немецкого зоолога Ф.Х. Лессера «Теология насекомых» (1742) и «Теология раковинных» (1744).
Систематика растений и животных стала первой биологической дисциплиной, сформировавшейся в недрах естественной истории. Начав с классификаций по морфологическим признакам, натуралисты все больше использовали данные об анатомии, эмбриологии, физиологии, биогеографии и экологии организмов, сформировав уже к концу XVII в. понятие «вид» для определения основной формы существования жизни. Объединяя всю информацию о видах, их критериях, свойствах, ареалах и взаимодействиях с другими видами и абиотическими факторами, систематика становилась центром интеграции разрозненных знаний об организмах, добытых не только в естественной истории, но и в других отраслях знания.