К началу XVIII в. стало очевидным, что описание организмов невозможно без классификаций, построенных на иерархии таксонов. Эту работу, начатую в XVII в. И. Юнгом, Дж. Рэем и Ж. Турнефором, успешно продолжил шведский натуралист К. Линней (1707–1778). Он не только описал около 5500 новых видов растений и животных, но и провел коренную реформу классификационной практики. Суть реформы заключалась во введении бинарной номенклатуры, по которой каждый вид обозначался двумя названиями — родовым и видовым, а также принципов синонимики, обязательности цитирования предшествовавших источников и латинских названий для каждого таксона. Линней установил также ступенчатое многообразие органических форм, расположенных в ясной субординации систематических категорий (класс, отряд, род, вид, разновидность), использовал четкие и краткие диагностические признаки (ключи) для определения близких форм и для построения иерархических систем, навел порядок в номенклатурном хаосе. Он разработал научный язык систематики, введя более тысячи специальных терминов. Хотя церковь враждебно встретила систему Линнея, опиравшегося в классификации растений на половые признаки и объединившего человека, обезьян, лемура и придуманного им «человека-животного» (троглодита) в один отряд приматов, сам Линней не сомневался в том, что сумел в целом верно отразить план Творения. Это стимулировало его к вдохновенной работе над совершенствованием и расширением системы на протяжении всей жизни. Если первый вариант «Системы природы», опубликованный в 1735 г., насчитывал всего 16 страниц, то в тринадцатом посмертном трехтомном издании (1788–1793), подготовленном и существенно дополненном и переработанном И.Г. Гмелиным, их было уже 6257.
Вклад Линнея в разработку теоретической биологии не ограничивался только систематикой. Его по праву считают одним из основоположников экологии. Название опубликованного им трактата «Экономия природы» (1749) оказалось столь удачным, что до сих пор используется в монографиях и учебниках по экологии. Линнею также принадлежит выражение «баланс природы», заимствованное из бухгалтерии. Слова «экономия» и «баланс» указывали прямо на аналогию между обществом и природой. Аналогия как способ доказательства была усилена Линнеем в трактате «О политике природы» (1760), в котором он доказывал, что любой вид участвует в «бизнесе» и все виды тесно связаны общим мероприятием (рынком). Из экономики Линней прямо и легко переходил к биологической теме: порядок — совершенная приспособленность видов к климатическим факторам (горизонтальные связи) и к пищевым связям (вертикальные связи). Жизнь на Земле представлялась ему в виде циклов, выступающих организующим началом порядка природы. Строгую последовательность и преемственность циклов Линней подробно демонстрировал на растительных сообществах, описывая их преобразования от лишайников до зрелого леса (или, как теперь говорят, климаксного сообщества), загнивания деревьев и возможного повтора цикла. Интересна и данная Линнеем характеристика экологической роли насекомых, которые изображены не столько как вредители, сколько как регуляторы численности других видов. Пытался он вычислить и скорости заселения Земли животными и растениями после экологических кризисов, в том числе и после Всемирного Потопа. Фактически Линней построил законченную концепцию общей экологии, повлиявшую на многие исследования в естественной теологии, особенно в Великобритании, что в свою очередь стало важной предпосылкой для возникновения дарвинизма.
Благодаря трудам Линнея систематика была признана точной естественно-научной дисциплиной и стала любимым занятием интеллектуальной элиты вплоть до начала XX в. Описания видов в форме кратких диагнозов позволяли наглядно представить многообразие признаков и стимулировали дальнейшее развитие систематики, где лидирующая роль вначале принадлежала ботаникам. Это объясняется как относительной простотой диагностических признаков растений, так и тесной связью ботаники с медициной, сельским хозяйством и лесоводством, требовавших простых и точных определений для практически значимых видов. Зоологи же продолжали изучать крупные таксономические группы. Зоологической энциклопедией того времени стала «Естественная история» (в 36 т., 1749–1788) Ж. де Бюффона (1707–1788), продолженная Б.Ж.Э. де Ласепедом и Л. Добантоном. В ней было много очерков о жизни животных, их распространении, связях со средой и др. Фактически в этом издании были заложены основы зоогеографии и аутоэкологии, сформулированы элементы нового трансформизма и новой философии жизни, порывавшей с представлениями Лейбница и вводившей ньютонианство в естественную историю. Бюффон рассматривал организм как целостную систему, взаимодействующую с окружающей средой, а человечество как часть этого взаимодействия. Не случайно выход в свет в 1749 г. первых трех томов этого сочинения многие современные авторы оценивают как одно из важнейших событий в интеллектуальной истории века Просвещения.
Корпорация разума