Дебаты об истинной вере захватили и протестантские конфессии. Они подстегивались обострением религиозно-политического противостояния в Европе и наступлением на права протестантов в Саксонии, Франции, Британии, империи Габсбургов. Протестантские анклавы на католических территориях, лишенные церковных организаций и возглавляемые мирскими проповедниками и пророками, стали эпицентрами спиритуалистических движений. Отмена Нантского эдикта (1685) вызвала волну хилиастических движений среди гугенотов (в частности, севеннских пророков и камизаров), которые были окончательно подавлены только в 1710-х годах. В начале XVIII в. в Силезии (где протестанты подвергались давлению со стороны не только Габсбургов, но и польских иммигрантов-католиков) и в Богемии (где насильственное возвращение подданных в католицизм сопровождалось усилением крепостного права) разразилась волна религиозных «пробуждений», видений и пророчеств. Религиозное брожение двинулось на запад с потоком беженцев, усиливая беспокойство не только католических, но и протестантских властей.
Один из наиболее пугающих призраков религиозных войн — призрак религиозного «энтузиазма» — стал лишним доказательством глубокого кризиса, в котором находились и лютеранская, и реформатская церкви. Спасение виделось в возвращении к истокам Реформации — к идеалу спасения верой единой (sola fide) и основанной на Писании (sola Scriptura). Между тем академическое протестантское богословие занималось скорее систематизацией догматики отцов Реформации, нежели поисками ответов на требования современной жизни, а протестантское богослужение с его акцентом на проповедь зависело от риторического искусства пасторов и при отсутствии такового становилось рутинным начетничеством. Протестантские церкви, которые не могли рассчитывать на услуги миссионерских орденов, были не в состоянии противостоять миссионерскому натиску католиков.
В лютеранстве ответом на этот кризис стал пиетизм — система практического благочестия, разработанная саксонскими богословами Ф.Я. Шпенером (1635–1705) и А.Г. Франке (1663–1727). Поставив своей целью возрождение учения Лютера об оправдании верой, Шпенер и Франке дополнили лютеранскую догматику средневековым мистицизмом, ренессансным спиритуализмом и оккультизмом, а также английской пуританской традицией. Пиетисты призывали не к разрыву с лютеранской церковью, а к ее обновлению, движущей силой которого должны были стать сами верующие, воздвигшие «истинную», «внутреннюю церковь» в своих душах.
В 1691 г. конфликты с саксонскими властями заставили Шпенера и Франке перебраться в Бранденбург. Здесь их учение получило поддержку Гогенцоллернов, для которых пиетисты оказались естественными союзниками в борьбе с влиятельной лютеранской ортодоксией. Кроме того, Гогенцоллерны проводили антисаксонскую политику, так что покровительство пиетистам сулило и явные политические выгоды. Новый университет в Галле, основанный в 1694 г. как противовес университету Лейпцига, стал центром набирающего влияние пиетистского движения.
Франке развил учение о внутренней церкви в целую программу коренного переустройства христианской жизни, которая включала реформу духовного и светского образования. Огромную роль Франке отводил книгопечатанию; основанная им типография в Галле выпускала книги на многих языках. Особой популярностью пользовались труды «Об истинном христианстве» (Vom wahren Christentum) И. Арндта и «Жертва угодная» (Pia Desideria) Шпенера. Эти труды стали европейскими «бестселлерами», выдержавшими многочисленные издания и переведенными на многие языки, в том числе и на русский. Наиболее важным компонентом программы Франке было создание сети благотворительных учреждений — знаменитого Сиротского Дома, народных школ, учительских семинарий, аптек и Библейского института. Франке и его последователи также разработали чрезвычайно эффективную модель миссионерской деятельности. Пиетистские миссии распространялись не только в Европе, но и в Америке, Азии и Африке. Особой активностью агенты Франке отличались на Ближнем Востоке и в петровской России. После Полтавы Франке взял на себя духовное окормление шведских пленных-лютеран в России, и Тобольск — место ссылки шведских военнопленных — стал на некоторое время городом пиетистского возрождения. В 1722–1724 гг., когда шведы вернулись домой, они принесли с собой пиетизм, ставший одним из ведущих духовных движений шведского лютеранства. Значительным влиянием обладал пиетизм и в Британии, где в числе наиболее влиятельных последователей Франке были Г.В. Лудольф (1655–1712), секретарь принца Георга, и его ученик А.В. Бёме (1673–1722).