В кальвинизме вера в то, что несовершенства христианской жизни коренятся прежде всего в несовершенстве вероучения, привела к тому, что духовное обновление кальвинистские богословы связывали с догматическими реформами. В Нидерландах это стремление вылилось в движение «Дальнейшей реформации» (Nadere Reformatie). Здесь еще в начале XVII в. реформаты раскололись на два лагеря — ортодоксальных кальвинистов, настаивавших на буквальном толковании доктрины предопределения, и арминиан, которые допускали возможность искупления для всех истинно верующих. К началу XVIII в. арминианизм распространился в Швейцарии и реформатских германских княжествах, особенно в Бремене, где работал один из наиболее влиятельных богословов эпохи Ф.А. Лампе (1683–1729). Влияние арминиан было сильно и в Англии.
Англиканскую церковь, возникшую в свое время как компромисс между католиками и протестантами-пуританами, разрывали противоречия между сторонниками Высокой Церкви и Низкой Церкви. Высокоцерковники полагали, что таинства были единственным залогом спасения, а сторонники Низкой Церкви вслед за арминианами считали, что литургика и церковная иерархия не играют роли в спасении верующего, а задача церкви состоит в образовании верующих, в оказании помощи в понимании Библии, а также в организации благотворительности. Участие в религиозных спорах помимо англикан принимали и пресвитериане, изгнанные из церкви во время Реставрации, и протестантские диссентеры (конгрегационалисты, квакеры, баптисты и прочие протестанты, отказавшиеся принять доктринальные стандарты англиканской церкви).
Особенностью английской религиозной полемики была ее политизация. Поскольку высокоцерковники были, как правило, сторонниками тори, а латитудинарии и диссентеры — вигов, то богословские и эклезиологические споры превращались в парламентские дебаты, порождавшие море памфлетов, проповедей, сатирических произведений, наполненных обвинениями оппонентов в «папизме», деизме, безбожии, сектантстве и предательстве английских национальных интересов.
Растущее разочарование в конфессионализме протестантских ортодоксий выразилось в росте экуменических настроений. В начале 1720-х годов граф Н. фон Цинцендорф (1700–1760), саксонский протестант, вдохновленный «филадельфийскими» идеалами христианской утопии, попытался создать в своем имении Гернгут (недалеко от Дрездена) христианское мини-государство, свободное от конфессиональной исключительности. В 30-е годы гернгутская община, охваченная раздорами, была распущена местными властями, но Цинцендорф перевел колонистов в Веттерау, близ Франкфурта-на-Майне.
В истории протестантского экуменизма в XVIII в. заметное место принадлежит и методизму — эклектической и в значительной степени внеконфессиональной системе благочестия, основанной Дж. Уэсли (1703–1791) и Дж. Уитфилдом (1717–1770). Методизм сочетал пиетистское учение о внутреннем христианстве с евангелическим проповедничеством и общественным активизмом, он вобрал в себя традиции самых разных школ пуританского мистицизма, квиетизма, пиетизма, ортодоксального кальвинизма и гернгутерства. Основатели методизма рассматривали его не как отдельную церковь, а как универсальный метод благочестия. Методизму принадлежала значительная роль в генезисе волны религиозного возрождения, захлестнувшей американские колонии в 1740-х годах. Это движение, известное как «Великое пробуждение», вобрало в себя разнообразные конфессиональные течения и версии личностной веры и, будучи надконфессиональным движением, сыграло важную роль в сплочении американских колоний и в формировании американского евангелического христианства.
Развитие христианского рационализма повлияло на появление и иных версий преодоления конфессиональных раздоров. Полемическая активность все более уступала место естественному, библейскому и нравственному богословскому творчеству. В частности, богословы физико-теологической школы, такие как С. Паркер (1640–1688), И.Я. Шейхцер (1672–1733), У. Дергам (1657–1735) или Ж.А. Турреттини (1671–1737), полагали, что путь к истинному познанию Творца лежит не в схоластических спекуляциях и логических умозаключениях, а в эмпирическом познании Его творения. Достижения науки, раскрывая тайны природы, демонстрировали величие Божие, а потому, считали физико-теологи, важно обнаружить великий замысел Творца в деталях — от строения лепестков цветка до движения звездных сфер.