Поповское направление старообрядчества признавало возможность принять священников, поставленных официальной церковью, после их отречения от «никонианской ереси» и исполнения ряда очистительных обрядов. Эти священники могли совершать полную службу, но в пределах России церкви для них были закрыты. Поэтому поповское («беглопоповское») направление имело своим центром приграничные земли в Речи Посполитой — Ветковские монастыри на реке Сож — туда для совершения таинств тянулись многие старообрядцы с Дона, Яика, Кубани, из Центральной России. Свой центр в Москве за Рогожской заставой им удалось легализовать только при Екатерине II в 1771 г.
Беспоповское направление в старообрядчестве настаивало на том, что все священники, поставленные в сан по «новым» книгам и «никонианским» обрядам, неправедны и не могут совершать церковной службы и таинств. В беспоповстве сильнее, чем в поповстве, прозвучала идея о «последних временах» и была развита эсхатологическая традиция. Наибольшее влияние в беспоповстве XVIII в. имел возникший в Карелии близ Поморья Выговский центр поморского согласия со своими поселениями, монастырями и скитами, великолепной библиотекой, иконописной и книгописной школами. В том же 1771 г. (когда в Москве свирепствовала эпидемия чумы) старообрядцы-беспоповцы смогли создать свой центр и в Москве у Преображенской заставы.
Находясь в оппозиции, старообрядчество объединяло активных жителей города и деревни, людей разного социального происхождения от князей и бояр до крепостных и работных людей. Желание следовать вере своих предков гнало их с насиженных мест: в поисках религиозной свободы они возглавили миграционные процессы на окраины России, в частности в Сибирь, а также за рубежи империи — в приграничные земли Речи Посполитой, Османской империи, в Прибалтику.
В России XVIII в. значительно больший отклик, нежели в предшествующие столетия, получили и реформационные идеи, которые увлекали русских людей, сомневающихся в почитании святых, мощей, икон, признании необходимости института церкви-посредницы между верующими и Богом. На православной почве эти идеи породили сектантские течения. В начале XVIII в. в Москве, в середине XVIII в. среди крестьян Тамбовской и Воронежской губерний получают распространение настойчивые призывы отказаться от иконопочитания, познать Бога «духом и истиной», а не через совершение церковных обрядов и таинств. «Духовные христиане» вскоре появились и в других губерниях Российской империи, прежде всего южных. В 60-80-е годы XVIII в. происходит конфессионализация течений: образуются «секты» духоборцев (у истоков течения стоял С. Колесников) и молокан (во главе встал С. Уклеин). В их религиозных исканиях правительство более всего беспокоил полный отказ от клятв, присяги, ношения оружия, а соответственно, и от воинской службы.
В XVIII в. в России существовали и довольно многочисленные группы мистическо-экстатического толка — «Людей Божьих», «хлыстов», скопцов. Хлысты собирались на «радения» для того, чтобы войти в состояние экзальтации и почувствовать, как «силой Святого Духа» они сами и их единоверцы перевоплощаются в пророков, во Христа или Богородицу (отсюда и название — «христовство»; или по орудию, которым некоторые себя доводили до экзальтации — «хлыстовство»). На хлыстовские «радения» собирались люди разного социального положения, среди участников было немало представителей духовенства — монахов, монахинь, священников; впрочем, хлысты не отвергали церковной службы, не уклонялись от исполнения церковных обрядов и не имели своей централизованной организации. Общей практикой подготовки верующего к «радениям» был крайний аскетизм, и именно стремлением удалиться от плотских соблазнов объясняется появление скопчества, развившегося из христовщины во второй половине XVIII в.
Поиски путей духовного обновления в православном мире привели и к развитию христианского рационализма, который выразился прежде всего в растущем интересе к западной учености, янсенизму, квиетизму и пиетизму. Такие греческие православные мыслители, как Н. Феотоки (1731–1800) и И. Моисиодакс (ок. 1725–1800) открыто исповедовали рационалистические принципы. Во время своего ректорства в Афонской академии в 1753–1759 гг. Евгений Булгарис (1716–1807) включил в программу труды Декарта, Лейбница и Вольфа. Во второй половине века влияние христианского рационализма ощущалось в произведениях русских и украинских ученых-богословов — митрополита Георгия (Конисского) (1717–1795), митрополита Гавриила (Петрова) (1730–1801), протоиерея кремлевского Архангельского собора Петра Алексеева (1727–1801) и в особенности митрополита Платона (Левшина) (1737–1812).
Итак, поиск «истинной» веры, разумной или исполненной мистицизма, захватил в XVIII в. все страны христианского мира, привел к развитию и углублению процессов конфессионального размежевания как на Востоке, так и на Западе, включая Американские Штаты. Однако конфессионализация в Век Просвещения, в отличие от прошлых веков, не породила тех жестоких религиозных войн, которые еще помнила Европа.