Несмотря на внутриполитические и внешнеполитические успехи, нанкинское правительство объединило лишь часть того, что обозначалось словом «Китай» на географических картах. Локальные режимы, не признанные Державами, продолжали де–факто контролировать отдельные провинции. Одни формально признавали власть «центра» в обмен на невмешательство в их дела, другие открыто не подчинялись. К первым принадлежал Чжан Сюэлян, 8 июня 1928 г. поздравивший Чан Кайши с вступлением в Пекин. «Молодой маршал» был введен в состав правительства и назначен заместителем главнокомандующего и командующим Северо–восточной армией. Унаследовав от отца полноту власти в Маньчжурии, он с согласия Нанкина продолжал антияпонскую и антисоветскую политику. 10 июля 1929 г. его полиция захватила телеграф КВЖД и советские учреждения. 17 июля СССР объявил об отзыве представителей с территории Китая, включая КВЖД, которая перешла под контроль местных властей. Москва хотела решить конфликт миром, но усилия дипломатов не помогли. 17 ноября Особая дальневосточная армия под командованием В. К. Блюхера вступила на территорию Маньчжурии и через два дня получила предложение о переговорах. 22 декабря в Хабаровске было заключено соглашение о восстановлении на КВЖД статус–кво; три дня спустя советские войска были эвакуированы.
Напряженными оставались отношения между Чан Кайши и Ван Цзинвэем, имевшим политическую базу в Гуанчжоу и участвовавшим в создании там альтернативного «национального» правительства в конце мая 1931 г. Только в январе 1932 г., перед лицом японской агрессии, лидеры договорились о «разделении труда»: первый взял на себя руководство военными делами, второй — гражданскими. Противниками нанкинского режима были Фэн Юйсян и Янь Сишань, пытавшиеся создать правительство в Пекине. С 1928 г. в провинциях к югу от Янцзы под руководством КПК и военных советников из СССР формировались части китайской Красной армии и создавались «советские районы». С ноября 1930 до сентября 1931 г. Чан Кайши предпринял против них три карательных похода, но заметных успехов не добился.