После смерти Хомейни 3 июня 1989 г. произошло некоторое смягчение режима. Новым рахбаром стал Али Хаменеи, президентом был избран Али Акбар Хашеми-Рафсанджани, который стал инициатором смены экономического курса. Иран стал переходить от централизации к рыночной экономике: началась приватизация, дерегулирование, привлечение иностранного капитала. Одновременно проводились меры по повышению культурного и образовательного уровня населения, техническому переоснащению учебных заведений и т.п. В повседневную жизнь стали возвращаться черты европейского быта. Новый экономический курс привел к существенным результатам: выросли ВНП и уровень жизни населения, ведущее место в экономике занял частный сектор. При этом государство сохранило основные рычаги влияния на экономику.
С избранием в 1997 г. президентом страны Мохаммада Хатами началась демократизация внутриполитической жизни и внешней политики при сохранении исламского характера государства. Хатами взял курс на дальнейшую экономическую либерализацию, защиту прав населения и формирование гражданского общества, произошел отказ от конфронтационной внешней политики. В стране начала возрождаться политическая жизнь. Консервативная часть духовенства оказывала сопротивление курсу президента на демократизацию, пытаясь ограничить реформы. После победы на выборах в 2001 г. Хатами продолжил курс на либерализацию, демократизацию режима, развитие гражданского общества. Меняется общественная жизнь — она принимает все более европеизированные, цивилизованные формы. Развиваются многовекторные международные связи Ирана, хотя антиизраильская позиция страны по палестинскому вопросу и антиамериканская риторика препятствуют выстраиванию отношений со многими государствами. Преодолев крайности первых лет исламского режима, Иран пытается найти свое место в глобальном мире, сочетая использование достижений европейской цивилизации и национально-религиозную специфику иранского общества.
Серьезный конфликт развернулся в эти годы в Афганистане после ввода туда советского военного контингента, задачей которого была поддержка нового правительства НДПА во главе с Б. Кармалем. Ответом на эту акцию стала активизация исламистских сил в стране, выступивших с призывом к «джихаду» против власти НДПА. Если учесть, что начало 1980-х годов было отмечено также выдвижением на первый план шиитских боевиков в гражданской войне в Ливане, широкой активностью «братьев-мусульман» в Сирии и «Исламского фронта» в Йемене, покушением исламистов на президента Сирии Х. Асада и убийством ими египетского президента А. Садата в 1981 г., то можно утверждать, что деятельность исламской оппозиции начала выступать в качестве одного из главных факторов в общественно-политической жизни Ближнего и Среднего Востока.
Наиболее отчетливо повышение роли исламского фактора проявилось в годы войны в Афганистане. Режим НДПА из-за своих радикальных и непродуманных преобразований по советским образцам не смог завоевать доверие населения страны. Реакцией афганцев на навязываемый им «социализм» стала поддержка оппозиционных исламистских группировок, объединившихся в 1985 г. в «Союз моджахедов Афганистана».
Учитывая неблагоприятную ситуацию, руководство НДПА решило внести серьезные изменения в свою политику. В 1986 г. Б. Кармаля на посту генсека партии сменил М. Наджибулла, который попытался придать легитимность режиму. Созванная в декабре того же года Лоя джирга приняла новую конституцию, которая провозгласила ислам государственной религией. Был провозглашен политический курс на национальное примирение, что предполагало прекращение военных действий, приглашение оппозиции к диалогу и формирование коалиционного правительства. Изменилось и название страны, переименованной в Республику Афганистан. На деле диалога не получилось: ни один из деятелей исламской оппозиции не был избран в парламент и не вошел в правительство. Более того, противники режима не шли на примирение, требуя немедленного вывода советских войск и отставки президента Наджибуллы.
В ходе начавшегося в мае 1988 г. вывода советских войск кабульское правительство было вынуждено пойти на новые уступки оппозиции. Были приостановлены все начатые реформы, объявлено о возвращении земель и другой собственности бывшим владельцам. На прошедшей в 1990 г. партконференции правящая партия была переименована в «Ватан» — «Отечество». Однако процесс распада режима остановить не удалось. В апреле 1992 г. моджахеды добились свержения правительства Наджибуллы.