Равно как многие врачи были астрологами, астрологи в свою очередь практиковали медицину; так делал и Коперник, и нет ничего удивительного в том, что Браге изобрел собственный Эликсир, который широко продавался как средство от эпидемий, опустошавших тогда Германию. Император, зная о существовании этой драгоценной панацеи, пытался выспросить у Браге секрет ее изготовления. В ответ Браге послал императору длинное письмо с описанием процесса изготовления лекарства, умоляя его сохранить сию формулу в тайне и использовать ее лечебные свойства исключительно в личных целях. Рецепт назывался Венецианской Патокой и состоял из нескольких последовательных химических операций: в получившуюся жидкость добавлялись либо тонко измельченные кораллы, либо сапфиры, либо гиацинты и растворенный жемчуг, но лучше всего — питьевое золото, А чтобы сделать секретное средство панацеей от всех болезней, каковые только могут быть вылечены с помощью лекарств, следовало смешать его с сурьмой.
В 1599 г. солдаты и беженцы с венгерского фронта турецкой войны принесли в Богемию чумную инфекцию, и вскоре город на берегах Влтавы пал жертвой страшной эпидемии. Рудольф, терзаемый суеверным страхом смерти, бежал с несколькими приближенными в Пльзень, где оставался более девяти месяцев. Тихо Браге, направлявшийся в Прагу, получил тревожные известия о множестве смертей в Богемии и переждал эпидемию в Германии. Он оставил своих жену и дочерей на попечение своего верного друга князя Генриха Рантзау в замке Вандесберг недалеко от Гамбурга, и взял с собой только своих сыновей, нескольких учеников, а также самые необходимые астрономические инструменты. По прибытии в Прагу он был радушно принят императором, который предоставил в его распоряжение замечательную резиденцию, назначил ежегодную стипендию в размере трех тысяч крон, пообещал передать в его безраздельное пользование обширное имение и позволил распоряжаться Бельведером, «замком удовольствий» Фердинанда, как обсерваторией. В просторных залах именно этого красивого здания размещалась кунсткамера, и историк Сватек говорит, что быстро растущая коллекция вскоре вытеснила Браге из дворца. Место совершенно не подходило для обустройства обсерватории — когда это выяснилось, император предоставил астроному на выбор несколько замков. В конце концов был выбран замок Бенатек, расположенный примерно в семи лигах от Праги, возведенный на холме и позволяющий безо всяких помех созерцать открытое небо.
Перед тем как обосноваться на новом месте, Браге послал Тенкнагеля забрать его жену и дочерей из Гамбурга, а также инструменты, оставленные в Германии, и написал Давиду Фабрициусу, Лонгомонтанусу, Джону Кеплеру и некоторым студентам, бывшим хорошими математиками, приглашая их помочь в организации школы астрономии и химии.
Вскоре замок Бенатек наполнился людьми: семья Тихо Браге, множество слуг, учеников, помощников, старых друзей астронома, желавших разделить с ним радость новоселья, а также профессоров европейских университетов, явившихся засвидетельствовать свое почтение первому астроному Европы. Все эти гости сидели за столом гостеприимного хозяина, наслаждаясь дорогими винами и изысканными блюдами.
Работа нашлась для каждого: юному Георгу Браге, прилежному студенту-химику, было поручено заведовать постройкой лаборатории; Лонгомонтанус следил за движением луны и ее фазами, Кеплер изучал Марс, в то время как Тенкнагель, жених Елизаветы Браге, был занят изучением исключительно, как остроумно отметил Хаснер, земной Венеры. К сожалению, Браге обладал холерическим темпераментом: он был крайне упрям и раздражителен, к тому же на тот момент ему было уже пятьдесят четыре года, в то время как Кеплеру, его одаренному ассистенту, было всего двадцать девять. Горячая ссора, вспыхнувшая между учителем и учеником, пошатнула мир в замке, в результате чего ученик покинул обсерваторию. Другим серьезным ударом стало желание императора, который приказал знаменитому датчанину переехать в Прагу и обосноваться поближе к императорскому дворцу, дабы консультировать его величество по вопросам астрологии и обучать премудростям астрономии. Браге перевез свои инструменты на Градчаны, а сам переехал к своему другу Куртиусу, где возобновил свои научные занятия. Но, несмотря на благожелательность и либеральность императора и доброту своих друзей, он чувствовал себя чужим на чужой земле: не зная местного языка, он часто сталкивался с неловкими затруднениями, и его душевная тоска в конце концов подорвала его телесное здоровье. 24 октября 1601 г. Тихо Браге скончался. Император приказал похоронить гениального астронома с подобающими почестями в главной церкви Праги, Тайнкирхе, где до сих пор сохранилась медная мемориальная доска.