Ну а теперь стоит отойти подальше от нюансов возвышения Филиппа и посмотреть на картину в целом. Так или иначе, в трудное для Русской Церкви время Бог привел на митрополию чистого душой человека, не корыстолюбца и не честолюбца. Ему уготована была высокая, невероятно трудная роль. И для этой роли оказался избран провинциальный игумен из соловецких дебрей… Да как не видеть тут вмешательства Высшей воли? Мнение царя, повлиявшие на него советы Колычевых-Умных, да слова архиепископа Пимена, да смирение Афанасия, да еще множество обстоятельств оказались кирпичиками в строении, возведенном по желанию Бога. И пусть иные кирпичи оказались худы и кривы, а в стену они легли наряду с другими прямо и верно.
Житие Филиппа прямо указывает на слова из Священного Писания:
О деятельности Филиппа в роли митрополита Московского до его конфликта с царем известно очень мало. Житие говорит о делах митрополита много пышных слов, но слова эти общие. Они дают лишь одну конкретную подробность: глава Русской Церкви склонялся к образу действий митрополита Макария, великого своего предшественника: «Благий сей, подражая прежеупомянутого благолюбиваго Макария митрополита, усердно следовал по стопам его…» Пример святого Макария – благой из благих! Этот мудрый человек занимал митрополичью кафедру более двадцати лет, и все важнейшие дела Церкви получили явственный отпечаток его личности. Достоинства правления Макария были очевидны. Избрав духовное преемство по отношению к нему, новый митрополит сделал выбор, лучше которого измыслить невозможно…
Сразу после возведения в сан Филипп совершил первое деяние в роли митрополита. Он заполнил вакантную кафедру Полоцкого архиепископа Суздальским владыкой Афанасием. Полоцк в ту пору играл роль передового пункта русской обороны, он стоял на самой границе с неприятелем; кроме того, в этом городе с православными издавна соперничали католики (прежде всего, бернардинский орден) и протестанты весьма радикального толка. Отсутствие православного владыки в Полоцке выглядело рискованным и с вероисповедной, и с политической точки зрения. Филиппу следовало поторопиться с назначением архиепископа, что он и сделал. 11 августа 1566 года город получил нового владыку. Полоцк тогда бедствовал от морового поветрия, священники «вымерли», так что некому было совершать погребальные обряды. Афанасию пришлось вызвать их из других городов. На Полоцкой епархии он пробыл до весны 1568 года, когда, усталый и разбитый хворями, отправился в Кирилло-Белозерский монастырь, чтобы вскоре окончить там земные дни.
В декабре 1566 года Филипп вместе с новопоставленным архиепископом Полоцким Афанасием освящал недавно построенный Входоиерусалимский придел в кремлевском храме Благовещения. Поскольку эта церковь играла роль домового храма московских государей, на освящении был Иван IV с двумя царевичами.
В 1567 году митрополит получил от удельного князя В.А. Старицкого несудимую грамоту на все митрополичьи владения в районе Дмитрова, Боровска, Звенигорода, Романова и Стародуба Ряполовского. Как «игумен всея Руси» Филипп обрел тогда солидное подспорье своему колоссальному «хозяйству».
Вообще, 1567 год оказался трагическим для Русской Церкви не по каким-то политическим, а по самым естественным причинам. Тогда умерло сразу несколько высших иерархов, и состав Освященного собора резко обновился. Филиппу приходилось отыскивать достойных людей и ставить их, одного за другим, на освобождавшиеся кафедры.