В 1485 году брат Пьер стал кардиналом и папским легатом. Он не только возвел церковь в благодарность за свою чудесную победу, но и укрепил дисциплину ордена. Некоторые братья к тому времени завели обычай одеваться в шелка и бархат, носить золотые цепи и украшенные драгоценными камнями ножны; они подверглись строгому взысканию, и им пришлось надеть свое облачение: черную тунику, скуфью и плащ с небольшим белым крестом с левой стороны груди. Европейские командоры могли жить, как богатые сельские помещики, однако гость, приезжающий на Родос, знал, что он в монастыре; на тогдашних изображениях члены ордена одеты, словно монахи в капитуле, и слушают Писание в трапезе или трудятся в госпитале. Между тем были отстроены городские стены, возведены новые башни. Форт Святого Николая стал великим бастионом в форме звезды, и благодаря угловым огневым позициям его лобовой штурм стал невозможен. Также защитники разместили более тяжелые пушки, а их постоянный гарнизон вырос до 450 братьев в 1501 году. В том же году выгнали всех евреев как потенциальную пятую колонну. Задачей Пьера было выжить, и по той же причине, по которой он изгнал евреев, он привечал местных родосцев, допуская их в орден и даже в бейливики.
Обитель поддерживала хорошие отношения с большинством европейских владык, которые любили назначать великих приоров. Клеркенвелл избежал этой участи, хотя у английской приории были свои проблемы: в 1515 году большой женский монастырь в Бакленде разорвал связи с орденом, а кардинал Вулси добился от приора Томаса Докры передачи ему в аренду Хэмптон-Корта, их самого богатого владения. Но в целом у госпитальеров были прекрасные отношения с Англией. Генриха VII называли «защитником ордена», и великие приоры Англии продолжали посещать парламент и возглавлять посольства в Риме и Париже.
В 1494 году король Франции Карл VIII, который боготворил д’Обюссона, вторгся в Италию с целью идти дальше и завоевать Константинополь и Иерусалим. На следующий год в Неаполе его короновали императором Востока и королем Иерусалима, а папа Александр VI организовал Святой союз против турок с д’Обюссоном в качестве генералиссимуса; в союз входили император Максимилиан и короли Испании, Португалии и Венгрии, а также преемник Карла Людовик XII и венецианский дож. Обитель провела широкую подготовку, но Крестовый поход так и не состоялся. Брат Пьер «умер от досады» в 1503 году в возрасте 80 лет, измученный постоянным ожиданием угроз. На Родосе его похоронили с почестями, подобающими великому монарху; траурная процессия прошла по молчащему городу во главе с четырьмя братьями, которые несли его личные знамена, а еще двое несли его красную шляпу и крест легата. В процессии шли и греческие, и католические священники и епископы.
Своими сведениями об осаде мы обязаны рассказу очевидца – вице-канцлера иоаннитов Гийома Каурсина, француза из Дуэ, секретаря д’Обюссона. Он писал депеши Великого магистра папе и императору, а впоследствии вставил их в свою книгу Obsidionis Rhodiae urbis descriptio, которая (впервые вышедшая из печати всего через четыре месяца) стала бестселлером. Ее популярность вполне понятна, ведь Западная Европа испытывала ужас перед угрозой, которую представляло расширение империи Османов. Всего через несколько дней после снятия осады с Родоса турки захватили и разграбили Отранто на побережье Адриатического моря в Северной Италии и занимали его целый год – и обезглавили всех отказавшихся принять ислам. Султан Мехмед намеревался завоевать и Родос, и весь Апеннинский полуостров, но братья спасли Италию, разгромив его войско. Они стали вдохновением для всего христианского мира.
На острове всегда находилось не больше горсти английских рыцарей, может быть, меньше двенадцати из 550 братьев на Родосе. В 1514 году английский ланг насчитывал всего 28 рыцарей, и большинству приходилось оставаться дома. Эта задача была возложена на великого приора Англии, приора Ирландии и приора Шотландии, который заседал в шотландском парламенте, как и великий приор Англии в английском, тогда как большинство братьев среднего и старшего возраста требовались для управления командориями. Также было несколько «почетных рыцарей», которым Великий магистр вручил золотой «крест преданности».
Среди этих почетных братьев были Томас Стэнли, 2-й граф Дерби, которого приняли в орден в 1517 году, и Чарльз Сомерсет, 1-й граф Вустер, принятый тогда же. Они ни разу в жизни не бывали на острове.
Однако англичане поскромнее, не связанные с орденом, приезжали на Родос. После падения Константинополя он стал убежищем для греческих ученых, которые привлекали желающих научиться греческому языку. Один из учеников – Уильям Лили – стал первым главным магистром школы Святого Павла в Лондоне.