Когда турецкие пушки пробили крупную брешь в стенах форта, визирь отдал приказ о первом штурме. Турецкие галеры подошли к берегу, чтобы высадить войска по обе стороны от дамбы. Идя по отмели, они натыкались ногами на корабельные гвозди и старые ножи, которые вбили в деревянные чурбаки и бросили на морское дно. Турки в смятении остановились и стали прекрасными мишенями для стрелков и арбалетчиков, а в бреши их рвал на части перекрестный огонь из установленных по бокам батарей, а потом христиане во главе с д’Обюссоном нанесли контрудар. Пушечное ядро сбило шлем с головы брата Пьера, и он пошутил насчет улучшения карьерных перспектив и тут же вернулся к бою. В конце концов вражеские галеры отступили перед флотилией брандеров, после чего Месих-паша отозвал свои полностью деморализованные войска, оставив 600 человек мертвыми.
Расстояние между фортом Святого Николая и противоположным берегом едва ли составляло 140 метров. Поэтому турки возвели понтон, и как-то ночью небольшая лодка закрепила якорь среди камней под молом, к которому был привязан канат, чтобы таким образом подтянуть плавучий мост. Однако английский моряк нырнул и убрал якорь. Затем 18 июля состоялся ночной штурм, турки атаковали вдоль всего мола с армады мелких суденышек и установили свой понтон в нужное положение, а галеры бомбардировали форт. Ночную тьму освещало странное зарево горящей нефти и расплавленного свинца, пушечных вспышек и пламени брандеров; несколько вражеских галер загорелись, и гарнизонная артиллерия потопила не меньше четырех. Битва бушевала с полуночи до 10 часов следующего утра. По сообщениям, турки потеряли 2500 человек, включая офицера, возглавлявшего штурмовой отряд, зятя султана. Месих-паша так пал духом, что три дня ничего не делал, а только сидел мрачный в своей палатке.
В начале осады он отдал приказ об общем обстреле, а затем сконцентрировался на юго-восточном сегменте крепостного вала, за которым находился еврейский квартал. Даже если до этого пушки разрушили магистерский дворец, здание не представляло стратегической важности, хотя гибель винного погреба магистра расстроила некоторых братьев, но в этом месте стены были старые и не особо прочные. Вражеские батареи беспрерывно грохотали под защитой земляных насыпей и бревенчатых укрытий – в самом большом было установлено восемь медных василисков, а турецкие инженеры подрывали фундаменты. Когда вскоре начали рушиться стены, д’Обюссон велел вырыть за ними канаву и возвести кирпичную стену. В работе участвовали все, горожане и рыцари трудились днем и ночью, и сам магистр подавал пример. Дождь из подожженных стрел и гранат вызвал пожары по всему Родосу, поэтому магистр отослал женщин и детей в подвалы или укрытия с бревенчатыми крышами. Кроме того, он приказал построить старомодный требушет, который сардонически назвали «подношением», и эта дьявольская машина метала такие большие камни, что они в щепки разносили деревянные укрытия турок и взрывали под копы.
Некоторые итальянские братья утратили самообладание и нашли себе представителя в лице секретаря магистра Филельфо, который умолял д’Обюссона пойти на переговоры. Магистр вызвал всех их к себе и холодно сказал, что одна галера еще может вырваться за блокаду и они могут уплывать немедленно, а потом угрозами и уговорами вселил в них храбрость. Месих-паша прибегнул к византийским методам; он отправил в город двоих «дезертиров», албанца и далматинца, с известием, что Мехмед на подходе с сотней тысяч человек. Д’Обюссон отказался в это поверить, и тогда они попытались договориться с Филельфо и попытаться убить магистра. Итальянец сразу же сообщил обо всем д’Обюссону, и гарнизон расправился с несчастными.