Тогда Мустафа приказал рабам из Марсамшетта волоком протащить 80 галер по самому узкому отрезку Шиберраса в Большую гавань; мыс Сенглея с суши могла атаковать армия, а с моря – флот. Брат Жан поспешно стал сооружать заграждение – железные цепи, закрепленные на кольях, вбитых в морское дно, и одновременно строить понтонный мост между Биргу и Сенглеей. 5 июля 70 турецких пушек открыли огонь по Сенглее, убивая женщин и детей на улицах. Поплыли минеры с топорами, чтобы разрушить заграждение, но их отогнали мальтийцы, вооруженные ножами, которые схватились с турками в воде. Затем прибыл Хасан-паша, молодой правитель Алжира, вместе с 2500 ветеранами-корсарами, которые посмеялись над тем, что сотворили турки со Святым Эльмом; Мустафа позволил им возглавить общий штурм 15 июля. О вражеских войсках турок, алжирцев и корсаров очевидец происходящего Бальби писал так: «Даже на рядовых были надеты алые одежды, и многие были в золотой и серебряной парче и алом дамасте. Вооруженные прекрасными фесскими мушкетами, александрийскими и дамасскими скимитарами, все они щеголяли великолепными тюрбанами». Хасан с половиной своих сил попытался захватить форт Святого Михаила, где Роблес разорвал их в клочья картечью; другие войска брели на берег со стороны моря, и де ла Валлетт отправил туда подкрепления по понтонному мосту. Тогда Мустафа послал 10 судов с янычарами, которые должны были высадиться на неохраняемой косе Сенглеи. Он не знал о скрытой у Сан-Анджело батарее. Когда суда приблизились, командующий батареей навел на них пять кулеврин, заряженных камнями, цепями и шипованными железными шарами, и дал по воде единственный залп с расстояния в 140 метров. Немногие уцелевшие после выстрела утонули. Этот отпор оказался спасительным. Через пять часов страшной резни Хасан начал отступать, после чего гарнизон Святого Михаила сделал вылазку вдогонку за турками; «Помните Святого Эльма!» – кричали братья и мальтийцы. Неверные оставили погибшими 4 тысячи человек, включая утонувших. Великий магистр выложил в церкви шесть захваченных турецких штандартов и приказал петь «Те Деум».
Турки не сдавались – они знали, что защитники находятся в отчаянном положении. Гарнизон поредел, припасы были почти на исходе. Враг продолжал беспощадный обстрел. Самая яростная канонада началась 2 августа – ее грохот доносился до самой Сицилии. Потом мусульмане бросились в новый общий штурм на Сенглею; они нападали на форт Святого Михаила пять раз за шесть часов – мальтийские женщины помогали отбивать врага, обливая его кипятком. 7 августа состоялся еще один общий штурм; Пияле атаковал Биргу с 3 тысячами человек, бросив их в брешь в бастионе Кастилии, где они и полегли под перекрестным огнем. Мустафа одновременно атаковал Сенглею, подбадривая свои войска, и они в конце концов взяли форт Святого Михаила. На этот раз бастион Кастилии удалось заминировать и взорвать, и осажденные потоком влились в зияющую брешь. Среди дыма и смятения многие решили, что пришел конец. Схватив шлем и полупику, брат Жан бросился в брешь. Взорвалась граната и ранила его в ногу, но он не пожелал уйти: «Мне уже 71 год – можно ли в моем возрасте умереть более славной смертью, чем среди братьев и друзей, служа Богу и защищая наш святой орден?» Ударный отряд был отброшен, но Сенглея и Биргу были готовы пасть. Всем раненым, находившимся в госпитале, которые могли стоять на ногах, пришлось защищать стены. Внезапно прозвучал сигнал к отступлению; паша подумал, что противник получил подкрепления. На самом деле из Мдины выехало несколько всадников, чтобы перебить раненых турок. Десять дней их разъяренные товарищи атаковали христиан ежедневно, и затем, 18 августа, начали новый общий штурм. 20 августа 8 тысяч турок снова были отброшены от форта Святого Михаила. Через три дня весь высший совет ордена высказался за отступление в Сан-Анджело. Но брат Жан не желал оставлять «своих верных мальтийцев, их жен и родных», ведь турецкие батареи в Биргу вскоре разрушат и Сан-Анджело – «здесь мы или умрем вместе, или прогоним врага». После этого он взорвал мост между Биргу и Сан-Анджело.