В ночь на 3 июня турецкие минеры обнаружили, что равелин незащищен, и перерезали часовых; янычары едва не штурмовали сам форм Святого Эльма, но защитники все же успели опустить решетку и остановить нападающих двумя небольшими пушками. Турки продолжали атаковать до следующего полудня. Помимо пушек, форт оборонялся огнеметами и кипящим маслом, а также он располагал большим запасом зажигательных cercles и гранат: первые представляли собой большие обручи, обвязанные легковоспламеняемым материалом, которые поджигали и метали при помощи ремней – удачным броском можно было поймать трех неверных и превратить их в живые факелы. Ручные бомбы представляли собой глиняные горшки, набитые огнеопасным материалом, с четырьмя фитилями из горлышка – чтобы взорвалось наверняка. Боевой дух защитников олицетворяет пример Абеля де Бридира де ла Гардампа: он пал с простреленной грудью, брат склонился над ним, но раненый пробормотал: «Иди, не думай, что я жив, лучше помоги другим», и после этого отполз в часовню форта, где и умер у подножия алтаря. У турок погибло 500 человек, а у защитников – 20 братьев и 60 наемников, но без равелина осаждающие могли возвести насыпь и вести огонь по обороняющимся. Вылазка не помогла его вернуть. 7 июня орудийный огонь сотрясал форт «как корабль в бурю», и Гонсалес де Медран принес брату Жану известие, что Бролья и Эгуарас все как следует обдумали и пришли к решению: бастион обречен; он и сам считал, что дальнейшая оборона этого пункта приведет лишь к потере хороших войск.
Де ла Валлетт не согласился в уверенности, что помощь придет, если они продержатся еще немного, ведь сицилийский вице-король Гарсия де Толедо – рыцарь Сантьяго – считал Мальту ключом к Сицилии. Кроме того, в обители находился сын вице-короля, многообещающий юноша, вступивший в орден. Форт Святого Эльма позволит потянуть время. Поэтому его поразило как громом, когда в ночь 8 июня, после общего штурма, перед ним предстал брат Вителлино Вителлески с петицией, подписанной 53 братьями – но не Брольей или Эгуарасом, где говорилось, что, если им немедленно не позволят оставить форт, они сделают вылазку и погибнут смертью храбрых. Магистр тут же отправил разобраться трех братьев. Один из них, Константино де Кастриота, сообщил, что форт может сопротивляться еще много дней, и предложил возглавить подкрепление. Разрешение отправиться туда получили только 15 братьев и 100 ополченцев, все добровольцы, в том числе и, к удивлению военачальника, два еврея, однако осмотрительно составленное письмо сказало гарнизону, что он может вернуться в более безопасное место; но все остались. Тем временем бомбардировка продолжалась; дело уже было не в разрушении укреплений, а в расчистке пути от груд обломков. Турки непрестанно пытались штурмовать форт, днем и ночью. 18 июня Тургут и Мустафа отдали приказ об общем штурме. «Поднялся такой страшный шум, крики, барабанный бой и грохот бесчисленных турецких инструментов, что чудилось, будто наступил конец света». Их солдаты тоже шли в бой с гранатами и магнитными зажигательными бомбами, которые прилипали к доспехам. Четыре тысячи аркебузиров обрушили на защитников свинцовый град, пользуясь любой щелью среди обломков, а кулеврины бросали ядра, железные, бронзовые и каменные, с мысов Шиберрас и Гэллоус. Потом в ход пошли дервиши, бешеные от молитв и гашиша, с пеной у рта, за ними сипахи и затем уже янычары. Это были элитные войска, привыкшие побеждать повсюду от Персии до Польши.
Великий магистр, однако, велел доставить на место множество боеприпасов и бочонков ободряющего вина; и, когда враги с воплями полезли через то, что когда-то было стенами, их разорвали пушечные выстрелы; а что касается зажигательных бомб, то рыцари расставили большие бочки с морской водой, куда и прыгали, загоревшись. Через шесть часов штурм прекратился. Тысяча турецких мертвецов завалила пропитанную кровью землю, а у защитников погибло 150 человек, в том числе и Медран, убитый в тот момент, когда он схватил конехвостый штандарт. Раненых доставили в госпиталь, где лучшие врачи того века вскоре поставили их на ноги. Тургут приступил к строительству новых батарей на Шиберрасе, но был смертельно ранен каменным осколком, и все же форт Святого Эльма вскоре оказался в ситуации, когда ни в форт не могли прибыть подкрепления, ни защитники не могли его покинуть. 22 июня мусульмане пошли в свой самый свирепый штурм. Стены, разрушенные до основания, защитники завалили камнями, землей, тюфяками, хламом, трупами – всем, что могло бы для этого сгодиться. Через шесть часов боя атакующие потеряли 2000 человек и отступили в изумлении. Однако им удалось убить 500 неверных. Один брат вплавь добрался до Сан-Анджело, и де ла Валлетт безуспешно попытался отправить к осажденным последний отряд добровольцев, но тот не смог подойти под градом вражеского огня.