В сентябре Генрих IV захватил престол, и его сын стал принцем Уэльским. Кроме того, отец сделал его кавалером ордена Бани, герцогом Корнуолла и чуть позже Аквитании. 3 ноября парламент попросил «не увозить принца из королевства», поскольку долгое отсутствие на родине последних двух королей привело к резкому ухудшению управления. Тогда же отец предложил Генриху жениться на десятилетней Изабелле, дочери французского короля, которую совсем недавно сватали за Ричарда. В январе враги Ланкастеров попытались отравить короля и его детей на пиру, но яд оказался слабым и все четверо скоро поправились. Тогда начался открытый мятеж; заговорщики соединились с королем Шотландии и вместе начали разорять северные графства. Хроники писали, что Генрих вместе с отцом отправился летом в поход на север, но, скорее всего, он оставался в Лондоне и замещал короля на совете.
Осенью 1400 года вспыхнуло восстание и в Уэльсе во главе с Оуэном Глендауром. Этот потомок валлийских королей, разбогатевший благодаря дружбе с королем Ричардом, выждал удобный момент и захватил почти весь Уэльс, объявив о восстановлении независимости. На этот раз принц принял несомненное участие в подавлении мятежа, а весной следующего года уже самостоятельно освобождал от восставших валлийские замки. С ним вместе был прославленный храбрец Генри Перси по прозвищу Хотспир (Горячее Копье), сын графа Нортумберленда. 28 мая им удалось взять мощный замок Конвей, но Перси уехал и принц не мог в одиночку справиться с разраставшимся восстанием. Тогда ему на помошь пришел король, который отругал сына за неспособность и отослал в Лондон, назначив его воспитателем Томаса Перси, дядю Хотспира. Однако король тоже не смог справиться с Глендауром, да и восстания сторонников Ричарда требовали его присутствия в других местах, поэтому в 1403 году он снова назначил сына своим представителем в Уэльсе и вручил ему десятитысячную армию. Уже в мае Генрих сумел потеснить Глендаура и сжечь его резиденцию в Сихерте. Однако прижимистый король не торопился выделять сыну деньги, и принцу пришлось продать собственные драгоценности, чтобы заплатить жалованье солдатам.
Этого явно не хватало, и Глендаур опять перешел в наступление. К тому же в июле семейство Перси подняло восстание на севере; король и принц с двух сторон напали на мятежников. 21 июля 1403 года состоялось решающее сражение при Шрусбери. Как ни странно, великий воин Генрих за свою жизнь участвовал всего в двух крупных сражениях и о первом предпочитал не вспоминать — там он проливал английскую кровь, к тому же его противниками были двое бывших друзей, Томас Перси и Хотспир. Войско мятежников насчитывало 10 тысяч человек, королевское было чуть больше. 16-летний Генрих вел свой отряд в наступление вверх по холму и испытал на себе всю страшную силу английских длинных луков. Стрелы скосили чуть ли не треть его людей, и он сам был ранен в лицо, но сумел пробиться наверх и сдерживать натиск врагов до подхода отца. Шекспир в своей хронике утверждает, что Генрих лично заколол Хотспира в поединке, но источники об этом умалчивают. Во всяком случае, опасный враг Ланкастеров был убит, а Томас Перси взят в плен и казнен. Отрубленную голову Хотспира повесили в Йорке на мосту, под которым должен был пройти старый граф Нортумберленд, сдавшийся на милость короля.
После победы Генрих IV вернулся в Лондон, оставив сына выздоравливать и заодно разбираться с Глендауром. Целый год военные действия шли довольно вяло; принц в это время поправлял здоровье в Херефорде. Осенью следующего года он вернулся в Уэльс и еще год вел безуспешную войну среди гор и лесов. Валлийцы применяли любимую тактику: неожиданно нападали на королевские войска, забрасывали их градом стрел и камней и быстро отступали. В ноябре 1405 года принц отправился в Шотландию с таким большим войском, что шотландцы сдались без боя и подписали мир. В следующем году парламент поблагодарил принца за его усилия и предложил королю вновь отправить его в Уэльс.
Однако прежде Генрих принял участие в суде над лоллардами. Движение этих сектантов — последователей Джона Уиклифа — распространилось в Англии так широко, что довольно терпимый в вопросах веры Генрих IV был вынужден принять меры. До двухсот лоллардов по его приказу было казнено или брошено в темницу. Нет никаких свидетельств, что принц пытался облегчить их участь. С ранних лет он был рыцарем и милостиво относился к побежденным врагам, но мягкость к еретикам не относилась к числу его добродетелей. К тому же лолларды не признавали себя побежденными, а сурово обличали прелатов и королевских чиновников — «слуг Велиала». Позже их идейные наследники, пуритане, попортили немало крови потомкам Генриха, но пока главной проблемой оставался Уэльс. Только осенью 1408 года войска принца взяли крепость Абериствит — последний оплот Глендаура. Отважный вождь валлийцев скрывался в лесах еще два года, а потом исчез неведомо куда.