В 1218 году Северная Эстония была занята датскими войсками. На месте селения эстов Линданисе был основан «Датский город» – «Тяянилинн», впоследствии ставший Таллинном. По приказу рижского архиепископа было создано Эстляндское епископство. В 1224 году было создано Дернтское епископство. Племена эстов были полностью разгромлены, русские вытеснены из Эстонии, а орденско-русская граница стала проходить всего в тридцати километрах от древнего города Пскова.
В 1222-1223 годах состоялся большой поход меченосцев в землю пруссов, который кончился безрезультатно. Меченосцы решили попросить помощи у Тевтонского ордена.
Переговоры меченосцев и тевтонцев начались в 1225 году. Великий магистр ордена Марии Тевтонской послал в Балтию инспекторов для изучения ситуации. В том же году магистр Герман фон Зальца от императора Фридриха II получил грамоту, которая передавал Тевтонскому ордену в собственность все земли, который рыцари захватят в землях пруссов. В 1234 году Тевтонский орден получил такую же буллу из Ватикана. С берегов Вислы Тевтонский орден двинулся в Пруссию. На завоеванных землях строились орденские замки, в которых располагались воинские гарнизоны. Из Германии приглашались колонисты, получавшие различные льготы.
В 1234 году под Юрьевом состоялось большое сражение войска меченосцев с владимирскими дружинами князя Ярослава Переяславского, которого сопровождал юный сын Александр, в будущем ставший Невским. Русское войско смогло загнать меченосцев на лед реки Эмбах, где заранее были приготовлены припорошенные соломой полыньи. Многие рыцари утонули, меченосцы проиграли сражение.
В 1236 году по приказу рижского архиепископа войско ордена меченосцев выступило на завоевание литовской Жемайтии. 21 сентября меченосцы были разгромлены литовским войском в битве при Шауле. В бою погиб великий магистр Фольквин фон Винтерштеттен и еще пятьдесят знатных рыцарей. Многие меченосцы попали в плен.
В марте 1237 года войско меченосцев во главе с магистром Бруно было разгромлено под Дорогичином дружинами князя Даниила Галицкого.
Епископы Рижский, Дерптский и Эзельский обратились к римскому папе с просьбой дать согласие на присоединение меченосцев к Тевтонскому ордену. Сами тевтонцы, борясь с упорно защищавшимися пруссами, не очень этого хотели, боясь, что у них не хватит сил для борьбы на два фронта. 14 мая 1237 года в папской резиденции Витербо под Римом был подписан договор об объединении меченосцев и тевтонцами. Было создано особое отделение ордена Марии Тевтонской, вошедшее в историю под именем Ливонского ордена. Устав нового ордена утвердил папа Григорий IX. Владения Тевтонского ордена состояли из части Палестины, в которой в Акре пока еще находилась резиденция ордена, острова Сицилии, Франконии, германских земель, Пруссии и Ливонии – Лифляндии, Эстляндии и Курляндии. Тевтонский орден в Ливонии возглавил орденский магистр, гермейстер Герман Балк, ставший и орденским магистром Пруссии. Рыцари нового объединенного ордена стали одеваться в белые мантии с черным крестом.
Крестоносцы стали укрепляться в Ливонии и Финляндии. Датчане хотели занять все юго-восточное побережье Финского залива. Шведы стремились завоевать Карелию и устье Невы. В июле 1240 года объединенное пятитысячное шведско–норвежско-финское войско во главе с финским епископом Томасом при впадении реки Ижоры в Неву было разгромлено тысячной дружиной новгородского князя Александра Ярославича, после битвы ставшего Невским.
В 1240 году ливонские рыцари взяли Псков. Ослабленная дружина Александра Невского была не в состоянии противостоять этому натиску, а новгородские бояре Пскову помогать не стали. Зимой 1241 года Ливонский орден занял все северо-западные земли Новгорода, который обратился за помощью к Александру Невскому, тогда, когда ливонские рыцари стояли в тридцати километрах от его стен.
В начале 1242 года в Новгород прибыли владимирские полки Александра Невского. Силы русских и крестоносцев теперь были равны. Искусным ударом был взят Псков. Оставшихся в живых рыцарей гарнизона Александр Невский отправил к великому магистру: «Я иду, и пощады не будет!» В апреле 1242 года русское и ливонское войско встретилось на льду Чудского озера. 5 апреля в яростном бою ливонские рыцари проломили центр русских дружин и тут же уткнулись в непроходимый для нее лесистый берег реки Узмени. С флангов на крестоносцев ударили владимирские полки и дружина Александра Невского. В сумасшедшем бою на залитом кровью льду Чудского озера русские опрокинули рыцарей, многие из которых утонули в открывшихся полыньях. Пятьсот рыцарей погибли, еще пятьдесят были взяты в плен. Немецкий автор Ливонской хроники писал: «Там был слышен звон мечей, и видно было, как рассекались шлемы. С обеих сторон убитые падали на землю. Те, которые находились в войске братьев-рыцарей, были окружены. Братья-рыцари достаточно упорно сопротивлялись, но их там одолели».