А затем вновь расставались и вновь начинали апостольские странствия. Во время этих скитаний мало-помалу завязывались связи братьев с местным населением, становились знакомыми и привычными дороги, возникали привычные убежища — «пустыньки» — около городов и населенных мест. В таких «пустыньках» проводили минориты ночи, подкрепляя свои силы кратким сном, предаваясь молитвам и созерцанию; днем же покидали их для сбора милостыни и проповеди. И эти «еремитории» редко пустовали. Понемногу они превращались в заселенные братьями центры местной пропаганды, являясь зловещим признаком начинающейся оседлости, то есть отрицания первичного идеала. Когда братство разрослось и возникла потребность в его организации, вся область, по которой скитались францисканцы (а с 20-х годов XIII века они проникают на восток, в Германию, потом во Францию и Испанию), естественным путем разбилась на провинции — на более мелкие области, в которых бродили братья, подчиненные данному провинциальному министру. В этих провинциях возникшие ранее еремитории превратились в постоянные общежития братьев. Количество таких общежитий постоянно увеличивалось. Они стали появляться и внутри городов, соответствуя близости францисканцев к миру. Деятельно покровительствуемое Церковью, в 1223 году официально утвердившей его устав, братство приближалось к обычному типу монашеского ордена, отличаясь от него отсутствием земельных богатств, близостью общежитий к миру и чрезвычайной подвижностью братьев.
Первичное братство (до начала двадцатых годов) было новым явлением в Церкви, аналогичным отвергнутым ранее Римом еретическим организациям, в частности и особенно вальденсам. В основе его лежал иной идеал жизни, чем тот, который лежал в основе монашества, иное, более буквальное понимание Евангелия. И монахи подражали Христу, и каноники считали себя преемниками апостолов. Но каноники были клириками, наследниками апостолов по сану своему, и, когда они старались воспроизвести жизнь апостолов, они превращались в клириков-монахов. Минориты не были клириками и тем не менее избрали себе апостольскую деятельность, как избрали ее себе ранее миряне — катары и вальденсы. Минориты тоже подражали Христу и апостолам, воспроизводя их жизнь, но поняли они ее не традиционно, как каноники, а по-новому, так же как вальденсы. Ученик Христа должен быть нищ, и Франциск отказался от всех компромиссов и формальных обходов, которых никогда не отвергало монашество. Апостол должен быть скитальцем, и Франциск отверг принцип монастырской жизни и посылал своих учеников бродить по миру, сам бродя, как последний из них.
Несмотря на разногласия с клиром в понимании апостольского идеала, францисканство в оппозиции к нему не стояло никогда. Ни сам Франциск, ни его ученики не отвергали самого грешного священника, они не думали о том, чтобы самовольно посягнуть на совершение хотя бы некоторых таинств, как арнольдисты или в еще большей мере катары. По словам Франциска, минориты были посланы Богом в помощь клиру и, как истинные «меньшие братья», должны были во всем подчиняться ему. Смиренное преклонение перед всяким клириком вытекало из совокупности их религиозных убеждений и настроений, из внутренней ортодоксальности всего движения, отсутствие которой у вальденсов определило еретический характер Церкви Вальда. Смирение и ортодоксальность францисканцев исключают возможность расхождения их с учением Церкви или мысль о том, что и клирики должны вести настоящую апостольскую жизнь. Минориты не осуждают клира не потому, что их учение было не продумано (подобного рода непродуманность, может быть, заметна в первых фазах вальденского движения), а потому, что с самого начала понимают призыв Христа как «совет» Его, ни для кого не обязательный, не как единственную форму жизни, а как развитие ее религиозности, открывающее путь к совершенству. Они просто хотели сами исполнить «совет» Христа, обращенный ко всем, кто считал себя в силах его исполнить. И в чистоте понимания этого идеала эпохи — причина успехов францисканского движения в миру и в Церкви, потому что и Церковь видела всю пользу существования в ней людей, так же понимающих и исполняющих Евангелие, как еретики, и сочувствовала этому в лице лучших своих представителей. Церковь оценила морально-религиозный идеал Франциска, увидев в нем высшее понимание христианства; и Церковь же умела сполна использовать все выгодные для нее стороны нового ордена.