Богоявленский Троице-Сергиев мужской монастырь находился у Троицких ворот Кремля при входе из города, на Троицкой улице. По мнению историков, церковной легенде и по позднему свидетельству Кормовой книги Троице-Сергиева монастыря, в XIV в. великий князь Дмитрий Иванович Донской выделил в Кремле преподобному Сергию Радонежскому место у своего дворца для строительства келий и церкви на случай его пребывания в Москве (24, № 1436).
Таким образом, Богоявленский монастырь изначально не был самостоятельным монастырем, а только подворьем Троице-Сергиевого. Однако среди многочисленных монастырских подворий Кремля оно, наряду с Афанасьевским-Кирилловским подворьем, в исторических источниках часто называется монастырем, а во второй половине XV в. получило статус монастыря и управлялось игуменом.Одновременно с землей в Кремле монастырю были выделены два участка вне его: «пятно Ногайское с лошади по 8 денег и пятно Московское с лошади по 2 деньги» (23, с. 422–423)
. На этих пятнах происходило клеймение лошадей, пригнанных на продажу, «пятнанием» тавром – прижиганием личного знака владельца с описанием примет лошадей в особом документе. Ногайское пятно находилось за городом, за Москвой-рекой, на территории Ногайского двора XIV–XV вв., где позднее размещалась Конная площадь, в районе Мытной улицы (в начале XIX в. северная ее часть передана для строительства Морозовской детской больницы по современному адресу 4-й Добрынинский пер., 1). Оно предназначалось для лошадей, пригоняемых кочевниками, которые ценились существенно дешевле других. Московское пятно находилось перед Китай-городом в районе церкви Спаса на Глинищах, стоявшей до 1931 г. на месте двора жилого дома № 17 по Лубянскому проезду. Здесь торговали лошадьми из России. Пошлины за клеймение лошадей должны были приносить монастырю определенный доход.Однако существуют сомнения в том, что эти торговые площади, да и место для подворья в Кремле, могли быть даны монастырю при жизни преподобного Сергия. Эти сомнения основываются на предположениях о том, что во время пребывания в Москве преподобный Сергий мог останавливаться у своего брата Стефана, игумена Богоявленского монастыря в Китай-городе, позднее, с 1361 г., – у своего ученика преп. Андроника в Спасо-Андрониковом монастыре, а с 1378 г. – у племянника Федора, основателя Симонова монастыря. Братии же своего монастыря преп. Сергий запрещал ходить не только в столицу, но и по селам и деревням даже при крайней нужде. Документ же о пожаловании земель монастырю впервые записан в Кормовой и Вкладной книгах Троице-Сергиева монастыря в 1673 г. (14, ч. I, с. 198; 23, с. 422–423)
.Несмотря на отсутствие прямых свидетельств, современных этим событиям, Забелин все же не без оснований считал, что это подворье было необходимо больше для великого князя, желавшего видеть преподобного Сергия возле себя и часто посещавшего его в Сергиевом монастыре.
Подворье размещалось возле Троицких ворот Кремля. Правильнее сказать наоборот, так как ворота, по-видимому, появились позднее монастыря и получили название по его имени. Эти ворота назывались также Ризположенскими, по-видимому, по церкви в честь Положения Риз Пресвятой Богородицы, существовавшей в конце Воздвиженки на углу с Кисловским переулком. В начале XVII в. эти ворота назывались Куретными по имени Куретных ворот Старого Государева двора, располагавшегося непосредственно за монастырской территорией к западу от нее. Тогда же эти ворота назывались Знаменскими, вероятно, как полагает Забелин, по образу Знамения Божией Матери, написанному на стене над воротами. Такая разноголосица названий продолжалась до того, как царь Алексей Михайлович указом 19 апреля 1658 г. повелел «именовать, писать и называть» ворота Кремля и Белого города, в том числе: Фроловские – Спасскими, Куретные – Троицкими, Боровицкие – Предтеченскими. Предписанные Алексеем Михайловичем названия не прижились только для Боровицких ворот, сохранивших свое древнее название.
Ближайшее окружение подворья в начале 1600-х гг. по плану «Кремленаград», где оно изображено под № 22, составляли: расположенные прямо напротив него, через Троицкую улицу, примыкавший к кремлевской стене двор Семена Никитовича Годунова и расположенный через Житницкую улицу Кремля, соединявшую Троицкие ворота с Никольскими, двор Богдана Яковлевича Бельского. С юга и востока монастырь соседствовал со Старым Государевым двором, бывшим двором Бориса Годунова, и Новым Царским двором. К стене, слева от Троицких ворот, примыкало здание дворцового Судебного приказа (45, вкладка) (илл. 14, цв. вкладка)
. В 1561 г. двор Годунова принадлежал постельничему Ивана Грозного Игнатию Вешнякову, и здесь с 15 июня пребывала княжна Кученей, дочь кабардинского князя Темрюка Айдаровича, ставшая второй супругой Ивана Грозного.