Церковь сохранилась и в пожаре 9 сентября 1480 г., когда ее спасали от огня в течение всей ночи и части следующего дня сам великий князь Иван III и его люди (49, т. VIII, c. 444)
. Но то ли церковь все же значительно пострадала от огня, то ли была построена из недоброкачественного материала, но в следующем году ее пришлось разобрать, «бе бо трухло велми» (49, т. XXVIII, c. 149, 314). На ее месте в 1480–1481 гг., уже не из белого камня, как обычно строили на Руси, а из кирпича, по рекомендации итальянских архитекторов, работавших в то время в Кремле, была построена новая церковь Богоявления Господня. Московский летописный свод сообщает под 6988 (1480) г.: «Того же лета разобраша старую церковь Богоявление на Троецком дворе в городе и заложиша новую на том же месте» (49, т. VIII, c. 445). Софийская II и Львовская летописи добавляют к этому свидетельство 6989 (1481) г.: «Того же лета заложиши церковь Богоявлениа камену и кирпичом делаша в городе Троецком подворье, а старую камену же разрушиша» (49, тт. VI, с. 233; XX, ч. 1, с. 347).По-видимому, во второй половине XV столетия Троицкое подворье имело монастырский статус и именовалось Богоявленским монастырем, что означало введение должности по меньшей мере строителя, подчинявшегося игумену Троице-Сергиева монастыря. Но, даже получив этот статус, монастырь в документах именуется попеременно без какой-либо четкой закономерности то монастырем, то подворьем.
Еще одна церковь в Богоявленском Троице-Сергиевом кремлевском монастыре была построена во имя св. Сергия, видимо, вскоре после обретения его святых мощей 5 июля 1423 г. и последующей канонизации, следовательно, по мнению Забелина, в первой половине XV столетия (23, с. 426)
. Если это было так, то Сергиевский храм в кремлевском монастыре-подворье был вообще первым храмом на Руси, построенным во имя прославленного чудотворца. Впрочем, если считать, что Забелин говорит здесь не о самостоятельной церкви преп. Сергия, относительно которой нет никаких упоминаний в это время, а об одноименном приделе в Богоявленском соборе, то такая гипотеза возможна, но пока не подтверждена.Конечно, храм во имя столь почитаемого святого было необходимо иметь вблизи великокняжеского и митрополичьего дворов для царского моления и служения в дни памяти святого, которые в этих случаях почти всегда проводили митрополиты, а с учреждением патриаршества в 1589 г. – патриархи.
30 октября 1532 г. московский царь Василий III Иванович в Богоявленском соборе на Троицком дворе «крестил новорожденного своего второго сына Юрья, отдавая таким образом новорожденного под покров крепкого заступника и молитвенника за всех государей Москвы. Крещение совершал Троицкий же игумен Асаф Скрипицын да старец Даниил из Переяславля» (23, с. 426–427)
.В 1542 г., при девятилетнем Иване IV во время боярской смуты, руководимой князьями Шуйскими, митрополит Московский Иоасаф не поддержал их, за что подвергся великим оскорблениям, «…начаша ему бесчестие и срамоту чинити великую и камением по келье шибати. Святитель невозможе того терпети, сойде с своего двора на Троицкое подворье… Бояре послали за ним детей боярских Новгородцев с неподобными речьми, и с великим срамом поносили его и мало его не убиша, едва у них умолил игумен Троицкий Алексей Сергием чудотворцем да боярин кн. Дмитрий Палецкой. И бысть мятеж велик в то время на Москве; и государя в страховании учиниша» (23, с. 427)
. После этого митрополит был сослан в Кириллов монастырь.