Где-то здесь (точное место неизвестно), у Ризположенских ворот, в грозненское время находились тюрьмы, у которых происходили казни. На сводном «Схематическом плане Кремля времени великих князей Ивана III и Василия III в 1533 году», составленном И. А. Голубцовым на основании сведений И. Е. Забелина и С. П. Бартенева (29, т. I, № 1),
территория тюрем показана в виде квадрата, примыкавшего к кремлевской стене слева от Ризположенских (Троицких) ворот при виде из Кремля, на месте более позднего Судебного приказа. Здесь князья Шуйские в 1537 г. казнили государева дьяка Федора Мишурина, а тринадцатилетний царь Иван IV в 1543 г. приказал казнить князя Андрея Шуйского и через два года – Афанасия Бутурлина «за невежливые слова».Территория Богоявленского монастыря, показанная на плане «Кремленаград» начала 1600-х гг., имеет форму пятиугольника, восточная сторона которого выходит на Троицкую улицу, другая, юго-западная, через переулок соседствует со Старым Государевым двором, «сиречь Бориса Федоровича Годунова, после того, как он стал царем», третья, западная, примыкает к Царскому двору, а северо-западные и западные отрезки несколько отстоят от Кремлевской стены, оставляя свободный проезд из Царского двора через Куретные ворота к Троицким воротам Кремля.
Первая церковь в честь Богоявления Господня, построенная в монастыре, по-видимому, одновременно с его основанием, была деревянной. Известное летописное свидетельство о кончине 17 сентября 1374 г. последнего тысяцкого Москвы Василия Васильевича Протасьева-Вельяминова, который «преставяся в чернецех и в схиме; положен бысть у церкви Богоявления» с более поздним добавлением «в монастыре св. Богоявления» (23, с. 424–425)
, а вслед за ним Н. А. Скворцов (59, с. 398) относили к Троицкому подворью. Однако в 1988 г. им справедливо возразил В. П. Выголов, показавший на основании исследования С. Б. Веселовского (10, с. 215), что здесь речь идет о Богоявленской церкви Богоявленского монастыря Китай-города, тесно связанного со всем родом Протасьевых-Вельяминовых и служившего их фамильным кладбищем (13, с. 21–22).Тем не менее первое прямое летописное известие о Богоявленском монастыре в Кремле относится к 1460 г., когда «Сергиевские старцы поставили на своем дворе при игумене Вассиане Рыло каменную церковь Богоявления» (23, с. 425).
Это свидетельство подтверждает более раннюю принадлежность этого места Троицкому Сергиеву монастырю – «на своем дворе», и существование предшествующей деревянной церкви Богоявления. Троицкий игумен Вассиан Рыло (1455–1466) впоследствии был ростовским архиепископом и крупным общественным деятелем времени Василия II Васильевича Темного и Ивана III Васильевича (36, с. 54–56, 272–274). В других летописях это свидетельство звучит несколько иначе. Под 6968 (1460) г. сообщается: «Того же лета поставлена на Москве церковь камена Богоявленье игуменом Троицким Сергеева монастыря». В этом же году, только несколько ранее, над Москвой пронесся сильнейший ураган, разметавший большинство деревянных и многие каменные постройки (49, т. VII, c. 208, т. VIII, с. 376).Видимо, по этой причине разрушенная старая деревянная церковь Богоявления была построена уже в камне.
Следующее летописное известие о монастыре относится к 4 апреля 1473 г., когда на пятой неделе Великого поста в Кремле случился пожар, начавшийся у великокняжеской церкви Рождества Богородицы, откуда огонь распространился по близлежащим дворам, уничтожил дотла митрополичий двор и достиг Богоявления Троицкого, уцелевшего от пожара. Митрополит Филипп, только что заложивший новый большой Успенский собор, был настолько потрясен этим пожаром, что тяжело заболел и просил великого князя Ивана III отпустить его на покой от святительского сана. Иван III, не желая отпускать митрополита далеко от себя, повелел перевести его в «близ ту сущий монастырь к Богоявлению на Троецкой двор» (49, т. VIII, c. 408)
, где тот и скончался 5 или 6 апреля того же года.