Эти тайные внутренние переходы, связывавшие царский двор с различными другими территориями, неоднократно упоминаются в летописях и являются одной из загадок Кремля, так как их точное расположение и количество остается неизвестным.
Около Троицкого подворья постоянно обитали нищие «леженки», называемые еще «кибиточными», которые не могли ходить. Их число достигало 14 человек и почитались они почти как юродивые. Все патриархи в праздники памяти св. Сергия при посещении подворья раздавали им милостыню.
Празднование памяти св. Федора Стратилата особо отмечал царь Алексей Михайлович, построивший на подворье особый придельный храм в его честь у Сергиевской церкви, так как этот святой был небесным покровителем его сына, будущего царя Федора Алексеевича, который, естественно, поддерживал эту традицию (23, с. 430–431)
.Еще одна новая функция появилась у Троицкого подворья в 1679 г., когда царь Федор Алексеевич повелел поместить здесь школу для изучения греческого языка – зародыш Славяно-Греко-Латинской Академии (24, № 1436)
.Об архитектуре храмов Богоявленского монастыря в Кремле этого времени можно говорить только после их радикальной перестройки, осуществленной в связи с пожаром 1 февраля 1565 г., зафиксированной на плане Кремля «Кремленаград» начала 1600-х гг, на котором относительно достоверно изображены кремлевские здания и сооружения.
Во время изготовления этого плана территория монастыря состояла из двух частей, разделенных забором на высоких деревянных столбах. Северная его часть отделялась от Троицкой улицы протяженным корпусом, начинавшимся от церкви св. Сергия и заканчивавшимся небольшим, круглым в плане одноглавым храмом неизвестного посвящения, входа в который со стороны монастырского двора не видно. К этому храму примыкал боковой стеной небольшой корпус с арочным проездом по центру. Дальше к востоку, вплоть до стены царского двора, монастырского ограждения нет, но показана дорога, выходящая из ворот этого двора, скорее всего как раз Куретных, потому что над ними изображена башенка, которой нет на других воротах, находившихся севернее, и которая заканчивает у наружного торца корпуса с арочным проездом. Характерен общий вид северной территории, имеющей форму трапеции.
Южная территория монастырского двора с запада не имеет четкой границы. Там изображены два параллельных, возможно, двухэтажных корпуса, за которыми дальше к западу видны небольшие домики, видимо уже служебной задней части царского двора. Южная граница этой территории и монастыря в целом также не вполне ясна. Скорее всего, на плане она обозначена забором, идущим от маленькой круглой в плане одноглавой церковки до ближнего корпуса на западной границе. По плану «Кремленаград» эта церковь показана относящейся к монастырю. Пространство между южной границей монастыря и двором Годунова в этом случае оказывается проездом, ведущим к Новому царскому двору, на который ориентированы въезды из монастыря и со двора Годунова. В центре южной монастырской ограды показан одноэтажный корпус с арочным проездом посередине. Между ним и западным корпусом показан еще один арочный проем в ограде, и, наконец, в этот проезд выходят двери церковки на углу Троицкой улицы и примыкающей к ней маленькой прямоугольной пристройки типа караульной будки.
На восточной границе этого монастыря, между Сергиевским храмом и угловой церковью, не видно вообще никакой ограды. Возможно, ее не было в 1600-е гг., и монастырские храмы были открыты для всех посетителей, но скорее она все же существовала и не показана просто потому, что на рисунке плана это было сделать затруднительно чисто технически.
Отмеченная выше трапециевидная граница северной территории хорошо видна на «Годуновом чертеже» начала 1600-х гг. (45, с. 54–55, рис. 16б)
, более подробной и увеличенной частью которого считается план «Кремленаград». По-видимому, там же изображены оба главных храма монастыря и разделяющая северную и южную части его территории перегородка в виде протяженного корпуса. Различима территория монастыря на «Петровом чертеже» (45, с. 50–51, рис. 16а). На «Сигизмундовом» плане читается характерный силуэт церкви преп. Сергия (45, с. 65, рис. 20). Возможно, он изображен на гравюре М. Мериана 1638 г. (45, 74–75, рис. 27а) и хорошо виден на плане А. Мейерберга (45, рис. 27в).