Похоронив детей и расставшись с женой, которая после этого постриглась в Алексеевском монастыре в Москве, Никита Минин оставил место священника в столице и уехал на Соловецкие острова, где в Анзерском скиту он принял постриг с именем Никон. Его наставником стал старец (позже причисленный к лику святых) Елеазар (именно по его молитвам родился царь Алексей Михайлович Романов). Но молитвенное уединение не приносило удовлетворения деятельной натуре Никона, он стремился к активному служению православным людям и Русской православной церкви. Вот почему он поселился в Кожеозерской пустыни, в 1642 г. стал ее игуменом. Слух о подвижнике-игумене дошел до царя Алексея Михайловича Романова, всегда проявлявшего интерес к монашеству. По делам обители Никон приехал в Москву, встретился с царем и завоевал его прочное расположение, тем более что он был учеником старца Елеазара, которого царь особо почитал. Вскоре Никона назначили настоятелем московского Новоспасского монастыря – исторической усыпальницы бояр Романовых. В 1649 г. Никон стал митрополитом в Новгороде, что означало церковное пребывание на второй кафедре после московской. В 1652 г. Никон был возведен на патриаршую кафедру.
Никон не сразу согласился быть патриархом. В Успенском соборе Московского Кремля царь и окружавшие его бояре со слезами просили Никона не отказываться от сана патриарха. Он уступил их просьбам при условии, что царь, бояре, собор и все православные дадут обет перед Богом «сохранять евангельские Христовы догматы и правила святых апостолов и святых отцов и благочестивых царей законы и будут его слушать во всем, как начальника, пастыря и отца краснейшего». Царь, духовные власти, бояре поклялись в этом. Никон принял сан патриарха.