Патриарх Никон решил создать такой монастырь, который бы не только демонстрировал величие и могущество Русской православной церкви, но и одновременно утверждал бы ее приоритет над светской властью. По сути, патриарх Никон старался доказать и утвердить приоритет духовных начал над материальными ценностями, светскими управленческими возможностями. Для постройки монастыря патриарх Никон искал под Москвой место, напоминающее или чем-то похожее на Палестину, точнее – на иерусалимский участок, где находился храм Воскресения. Монументальный ансамбль иерусалимского храма Воскресения в Палестине патриарх Никон хотел повторить и даже улучшить в Подмосковье. Он приглядел местность на высоком холме, который с трех сторон огибала р. Истра. 48-летний патриарх Никон в 1656 г. купил у помещика Р. Боборыкина село Воскресенское, еще прикупил он для этих целей две рядом стоявшие деревни. Возвышенность у р. Истра была в нескольких местах подсыпана. Создавая новый монастырь, Никон хотел построить этот монастырь и главный собор в нем лучше иерусалимских. Первоначально монастырь называли Воскресенским, что на Истре. Затем как-то в одном из писем к патриарху Никону царь Алексей Михайлович назвал его Новым Иерусалимом, так это название за ним и осталось. Воскресенский монастырь стали со временем все называть Новоиерусалимский, или Новый Иерусалим. Патриарх Никон даже деревни, реку, другие топонимы выделил по подобию иерусалимских. Ряду ближайших к монастырю мест патриарх Никон дал библейские названия, связанные с Иерусалимом: река Истра стала «рекой Иордан», крутой берег р. Истры переименовали в «Гефсиманский сад», село Никулино – в «Скудельное село», дуб у монастыря – в «Мамврийский дуб» и т. п. В память об Елеонской (Масличной) горе около Иерусалима была сооружена в 1657 г. Елеонская часовня, отражающая архитектурные формы ХVI в. Десять лет – 1656–1666 гг. – работы по созданию нового монастыря велись непосредственно под личным руководством и наблюдением патриарха Никона.
Готовясь создавать новый монастырь и его главный собор, патриарх Никон распорядился привезти в Москву из Иерусалима модели и чертежи Иерусалимского храма и других построек. Из Палестины Арсений Суханов – ученый иеромонах Троице-Сергиевой лавры (посланный на православный Восток для закупки книг) – привез чертежи, планы, точную деревянную модель Иерусалимского храма и модель часовни «гроба Господня». Они тогда изготавливались в Палестине и развозились паломниками по всему миру. Кто был главным автором проекта создания и строительства подмосковного Воскресенского монастыря документально не известно. Однако имеются исследования, доказывающие, что проект Воскресенского собора принадлежал самому патриарху Никону. Патриарх Никон не собирался в точности повторять иерусалимские архитектурно-религиозные памятники первых веков нашей эры. Храм в Иерусалиме (т. е. Староиерусалимский храм) втиснут в скалу, а Новоиерусалимский храм стоит на свободном месте. В Староиерусалимском храме 14 приделов, а в Новоиерусалимском храме 29 приделов (а первоначально собирались создать даже 365 приделов – по числу дней в году, но от этой мысли во время начавшейся постройки храма пришлось отказаться). Есть принципиальные различия и в художественном оформлении храмов снаружи и внутри. Патриарх Никон, хотя и запретил завершать православные храмы шатром, сам в Воскресенском монастыре решил создать самый большой каменный шатер в истории русского зодчества. Со временем все детали храма были выполнены из изразцов. Даже покрытие шатра было из обливной цветной черепицы. Внутри Воскресенского собора пилоны охватывали полукольцом алтарь, уподобленный театральной сцене. В его глубине находилось «горнее место», состоявшее из ступеней, поднимающихся амфитеатром. В центре было установлено патриаршее седалище – трон. Здесь собирался восседать патриарх Никон в богатейшем облачении в окружении духовенства. Иконостасы были выполнены из изразцов: синие, зеленые, желтые травы, оттененные коричневым и белым цветом, причудливые орнаменты, головки ангелов с распростертыми крыльями и большие декоративные вазы делали интерьер собора уникальным. В солнечных лучах изразцы сверкали и представлялись невиданными драгоценностями поразительной красоты. Все это говорило о великой мощи России во главе с Русской православной церковью, возглавлявшейся патриархом Никоном.